终末消毒是指传染源出院、转移、死亡而离开疫点或终止传染状态后，对疫点进行的一次彻底消毒。目的是完全消灭病人所播散的、遗留在居室和各种物体上的存活的病原体，使疫点无害化。终末消毒进行得越及时、越彻底，防疫效果就越好。

需要指出的是消毒虽是控制传染病的重要措施，但对于非典型肺炎，不能代替其他措施如隔离、封锁、个人防护等等措施的作用。 对于非典型肺炎的疫点消毒，必须在当地疾病控制部门的指导下，由掌握有关消毒知识的人员及时进行消毒处理，通常可直接由当地疾病预防控制部门的消毒人员进行终末消毒。在医院中对传染病病人的终末消毒由医院安排专人进行。非专业消毒人员开展消毒前应接受培训。

为保证消毒效果，根据卫生部《 消毒管理办法》和《 消毒技术规范》（2002 年版）的有关要求，接到非典型肺炎疫情报告后，城市应在6 小时内，农村应在 12 小时内采取消毒措施。

终末消毒传染源离开疫源地后进行的彻底消毒。例如医院内的感染症病人出院、转院或死亡后对其住过的病室及污染物品进行的消毒。