内设机构是指独立机构的内部组织，又称内部机构。

所谓内设机构一般不能单独用本机构的名义对外行使职权，通过所从属的独立机构的名义来行使所赋予的职权。在我国政府系统的行政机构中，内设机构的层次一般不超过两层。如国务院办公厅设有9个内设机构，分别是秘书一局，秘书二局，秘书三局，国务院应急管理办公室（国务院总值班室），督查室，电子政务办公室，人事司，行政司，财务室（副司局级）。