产生异形孢子的植物，其小孢子形成的囊状生殖器官称为小孢子囊，是大孢子囊的对应词。

在卷柏属（Selaginella）是在小孢子叶基部内侧作为起源于表皮系统的器官而形成的，具有二层囊壁细胞。在水生蕨类（Hydropteridales），是生长在小孢子囊果中的生殖托上，具有一层囊壁细胞。无环带，但有类似环带的有一列厚壁细胞的种类。

种子植物，尤其是裸子植物的花粉囊，由于产生与蕨类小孢子相同的花粉，所以也称为小孢子囊。