脊索动物亚门（学名：Vertebrata）是脊索动物门的下属亚门。形态结构彼此悬殊，生活方式千差万别。除圆口纲外，水生动物具偶鳍，陆生动物具成对的附肢。各纲的特征虽然有显著差别，但组成躯体的器官系统及其功能基本一致。当需要降温时，脊椎动物的血管通过允许更多的血液流向皮肤来调节温度，当必须保存热量时限制血液流向皮肤。是动物界中数量最多，结构最复杂，进化地位最高的类群。

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形态特征

出现明显的头部，中枢神经系统成管状，前端扩大为脑，其后方分化出脊髓。大多数种类的脊索只见于发育早期（圆口纲、软骨鱼纲和硬骨鱼纲例外），以后即为由单个的脊椎骨连接而成的脊柱所代替。

生活习性

原生水生动物用鳃呼吸，次生水生动物和陆栖动物只在胚胎期出现鳃裂，成体则用肺呼吸。除圆口纲外，都具备上、下颌。循环系统较完善，出现能收缩的心脏，促进血液循环，有利于提高生理机能。用构造复杂的肾脏代替简单的肾管，提高排泄机能，由新陈代谢产生的大量废物能更有效地排出体外。

繁殖方式

繁殖有3种类型，分别是卵生、卵胎生或胎生。

下属物种

该亚门包括圆口纲、软骨鱼纲、硬骨鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲和哺乳纲。