关于皇太极的死因，学术界观点不一，但根据原始史料的记载，目前有两种说法：
1、无疾而终说
清朝官方文献记载，皇太极是在晚间无疾而终。顺治年间编纂的《太宗实录》记载，皇太极去世当天如往常一样，白天忙于处理政务，休息之前还在崇政殿召见了科尔沁蒙古王妃与固伦公主，赐予了她们从明朝掠夺来的缎匹财物。最后，皇太极回到清宁宫就寝。在这期间，他并未有过异常表现。但他的生命却在这个夜晚走到了尽头。“是夜亥刻，上无疾，端坐而崩，上在位十有七年，寿五十有二。”后来的《清史稿》也沿用了这一说法，可以说这是清廷的官方说法。
2、因“痰疾”而终
关于清太宗的死因，当时还有一种不同的说法存在。我们可以在明朝遗民管葛山人(据传为彭孙贻)的《山中闻见录》中可以看到。在其前六卷“女直”中，有这样一段记载：“八年辛未初十，清太宗以痰疾殂于沈阳。”相比清廷史官，作为明朝遗民的彭孙贻不会忌讳什么，因此他的记载有可能更加客观。
皇太极的“既往病史”
鼻衄宿疾
想探究清皇太极的死因，我们不能单从记载他死亡的史料入手，而应该向前推进，检查检查这位皇帝有没有什么“既往病史”。
通过检索关于皇太极的史料，我们可以发现，这位自幼跟随父亲努尔哈赤东征西伐，戎马一生的满族皇帝，身体状况却是不怎么理想。
《太宗实录》记载，崇德五年，清军准备大举入侵中原，皇太极派遣大军围困锦州城。崇德六年八月，明朝以防派遣大将洪承畴解锦州之围，洪承畴携13万大军，出关力挫清军。清军前线告急，皇太极闻讯立刻调集其他八旗精锐，定于八月十一出京亲征。但“因鼻衄，故缓三日，鼻衄尚未止。”四天后，鼻衄状况仍未好转，但因前线吃紧，皇太极不得不坚持出征。“上行急，鼻衄不止，承以碗，行三日，衄方止。”最终，皇太极昼夜兼行500余里，支援松山清军，并最终击败明军，明军经此一役损失五万余人，自此“关宁锦防线”告破，清军取得了入关前至关重要一役的胜利。
松山之战，清军依靠皇太极的及时救援取得了翻盘，但从史料中我们也可以得知，皇太极鼻衄病症十分严重。什么是“鼻衄”呢？其实就是流鼻血。不过皇太极的流鼻血并非偶发，而是一种宿疾，已经严重到影响他出行的地步。最终，皇太极也没有治愈这种疾病，而是忍痛出击。为了不影响一国之主，一军之帅的形象，他用碗盛着鼻血，竟然就这么骑马走了三天，赶到了战场。
而“鼻衄”这种病症，皇太极在战后仍未能根治。虽然清廷官方史书上没有了后话。但当时作为清朝附属的朝鲜却留下了相关的记载。朝鲜的许多高官，包括两位皇子，在皇太极攻伐朝鲜后，都被掳走并扣押在盛京，他们经常记录清朝发生之事，并将记录递送回国。当时朝鲜人记载的《沈阳状启》与《沈阳日记》就记录了许多关于皇太极疾病的史料。
皇太极出现“鼻衄”现象应该早于崇德四年，据朝鲜官员记载，崇德四年十二月十二日，“清主求生姜，以一升应求。十八日，本国所送青大竹三驮输纳衙门。二十日，本国所送青大竹五驮入来，直纳衙门。”史料中提到的青竹、生姜都可以制成拥有清热散毒、生津止血等功效的中药，正是主治“鼻衄”的药物。而由于东北地区不产这些植物，因此只得向朝鲜索取。而当时朝鲜与清朝矛盾仍很尖锐，清廷不得不向朝鲜索取药材，也可想而知，这必然是为皇太极索取的。
清廷后来长期向朝鲜索取青竹、生姜，直到清太宗去世后才结束。而在崇德六年九月二十三日，清太宗因心爱的宸妃去世而悲痛万分，出现“圣躬违和”。(即身体不舒服)，清朝官员紧急召见朝鲜译官申继黯，徐尚贤，要求他们紧急调取输送“帝药所用新青有生色大竹一驮，及中生竹如枪杆大许者一驮乙。”入京。前文推测这两种药材是为清太宗所用，通过这里的史料我们就可以确认这点了。由此可知，皇太极的鼻衄宿疾自崇德四年开始出现，到他去世的崇德八年都没有被根治，一直摧残着他的身体。
风眩等症
在松锦之战即将结束时，皇太极的爱妃宸妃因病去世。这次事件对皇太极的身心健康造成了很大的冲击。皇太极还朝后，经常为宸妃之死痛苦哀嚎，甚至还因过度悲痛而昏厥过去。为了纪念宸妃，皇太极采用最高的丧敛礼仪为她下葬，并举办了大量的祭奠仪式。而这次精神上的冲击也导致了皇太极的身体状况每况愈下，多次出现“圣躬违和”现象。
宸妃死于崇德六年，而皇太极在崇德七年身体状态跌落到谷底。除往年的青大竹、生姜外，清廷向朝鲜额外索取“桂皮、木瓜、生地黄”等药材，并明确说明此为“皇帝药用”。而这些药材对呼吸道疾病有缓解作用，由此可见彭孙贻的“痰疾”一说也并非空穴来风，皇太极很有可能在这一时期新患上了“痰疾”。
但由于朝鲜地区也不生产这些植物，最终这些药品未能送进盛京，想必皇太极的病症也因此未能得到缓解。
崇德八年，皇太极病情愈发严重，由于清朝刚刚完成封建化，许多技术水平较差，而且身在关外。为了治疗皇太极的疾病，清廷不得不求助于汉人医生，但效果并不显着。于是，三月二十六日，清廷直接派遣瓜尔佳·刚林等大臣与朝鲜医师议事，商讨如何为皇太极治疗。并索取治疗“风眩等症”(即为高血压及并发症)的药物。后经朝鲜医师调取“九味清心丸及生地黄”药物，缓解了皇太极高血压导致头晕目眩的症状。清廷十分欣喜，以为是治愈了病症。继续像朝鲜索取药材。但殊不知，这些药物只能缓解高血压造成的头晕、咳痰、流鼻血等并发症，根本不可能彻底治愈高血压。
死于猝死的皇太极
综上所述，皇太极的身体状况并不理想。虽然他自幼随父从军，征战四方，体魄十分强健。被推举上皇位也正是凭借自身的赫赫战功，可谓“马上皇帝”。但是，皇太极出身关外，女真人从事渔猎，主要食物以肉食为主。这使得皇太极的身材虽然健硕但也有些肥胖，这点在他中年以后愈发严重。他的画像、遗留的盔甲、《李朝实录》都对这点有所表现。这就导致皇太极患上高血压的风险大大提高。而崇德四年左右，皇太极就已经出现了高血压的症状，因此多次向朝鲜索取药材。
