由于黑米稻是感温型品种，要求在3月10～15日播种，这样可延长其生育期，并提前在7月下旬的高温来临之前抽穗扬花授粉，以利于提高产量和米质。
A、选用抗（耐）病品种或无病良种。发生黑穗病时，无病或病害较轻的田块，收获前选择无病穗作种子，对黑穗病有一定的防治作用。
B、苗期防治。黑小米定苗后，如遇气候干旱，为防止红蜘蛛快速生长繁殖，采取三氯杀螨醇喷雾防治。如遇连雨天。田间湿度大，为防止粟芒蝇的繁殖，应采用菊酯类杀虫剂喷雾防治。
C、成株期防治。黑小米抽穗后，8月上中旬正值三代黏虫繁殖生长期，此时注意检查，如发现有黏虫，要及时用DDV乳剂进行防治。黑小米成株期如遇连雨天，气候潮湿，黑小米不抗锈病，病叶率在1%～5%时，及时采取如粉锈宁兑水喷雾等化学保护方法进行防治。7月下旬，如云阴雨天较多，黑小米径基部容易出现云状病班，应采用纹枯灵或井冈霉素进行喷雾防治。
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