台湾8月中旬通过“陆生三法”修正草案之后，各界针对执行细节仍吵嚷不休，“教育部”随即在9月公告子法“陆生来台就学及停留办法”草案，报请“行政院”同意，“教育部”表示希望本月中旬就能颁布实施。草案重申，每年招大陆生名额保持2000名，并未增加。
据台湾《旺报》报道，《办法》草案共27条，包括公立私立大学的招生范围、招生人数、招生方式、学费以及在台停留期等问题。草案规定，私立大专院校招收学士主要看大陆高考成绩，目前“教育部”正着手成立“陆生联招委员会”，预计12月登场；公立大学招收硕博士则倾向由各校自行甄试。学校应以联合招生方式招收陆生，即组成联合招生委员会，统一编印简章、受理报名、录取分发、公告发榜等；不过如有需要，学校也可自行办理笔试并单独甄审。
在大陆生入台就读手续上，《办法》第7条规定，陆生应备妥入学申请表、学历证明、财力证明等各类文件报考，“教育部”表示对财力证明不会定金额，由各校自定。第10条规定，每次发给陆生二年停留期，逾时可申请再延二年；不过博士生修满五年、硕士生修满三年、学士生修满四年、专科生满二年者，每次只可申请再延六个月。
