除湿机设定在45%到60%之间的湿度是最好的。经过科学测量，人体最舒适的湿度是45%到60%，而梅雨季节室内的湿度最高会达到80%。现在很多除湿机都带有湿度设定功能，人们在用除湿机除湿的时候，将除湿机的风量调到大风档，除湿效果会更快一些，当达到一定湿度的时候它会自动停机，这样会更省电。
通常来说，在休息、睡觉等较少活动量的状态下，房间相对湿度在50%到60%之间，人体会感觉到比较舒适。假如湿度设定太低，会让人感觉到干燥，而且室内、外湿度差别较大，湿气扩善较快，当室内湿度降低到设定湿度时又非常快的变高了，致使压缩机频繁的开机和停机，这样会缩短除湿机的使用寿命，也消耗比较多的能源。这是从减少故障发生率，延长其使用寿命考虑。
