１８６９年４月，尼采来到巴塞尔大学，就任语言学副教授之职。巴塞尔是瑞士的城市，尼采很自然地加入了瑞士国籍，成为一个瑞士公民。他对于此点没有什么不安。在他的印象中，他既属于德国，也属于整个世界。他的先祖就是一个斯拉夫民族的波兰人。
正像以前每到一个新环境一样，开始时尼采努力适应新情况，参加各种社交活动：宴请、舞会、拜访同事，但不久他就感到厌烦，满目所见都是无聊和庸俗。他对同事的态度渐渐冷淡了下来，别人自然对他也热乎不起来。于是他又把自己放在一个孤独的境况之中。
到巴塞尔不久，在给洛德的信中反映出他此时的心绪：“除了您以外我再没有更亲近的人可以谈心了。我生活在一片孤独的灰云里，特别是在聚会的时候，我无法拒绝人情应酬的压力，不得已在会场上和形形色色的手拉在一起。在这样的聚会里，我总是听到吵吵嚷嚷的声音，而找不到自己的知音。这些人称呼我教授，他们自己也被这头衔冲昏了，他们以为我是太阳底下最快乐的人。”
为了排遣心中的烦闷，尼采常常一个人去附近的峡谷和森林散步，在大自然的环境中，他的心情稍稍感到好一些。童年在乡村度过的那一段美好幸福的时光浮现在回忆中，成为对孤寂生活的一种抚慰。
５月２８日，尼采在巴塞尔大学博物馆主厅作了就职演讲，题目是《荷马与古典语言学》。在这里，他一开始就提出了自己以后一直坚持和努力深入的基本学术思想：语言学不是一门纯科学，而是与艺术紧密交织重叠在一起的。它的新颖性给听众留下了印象，反响是热烈的；这次演讲奠定了他在巴塞尔大学的教师地位。尼采每星期有６次课，关于古希腊文，但选修这门课的学生并不特别多。
作为教师，尼采在巴塞尔大学是受到欢迎和尊重的。一年后他被提升为正教授，以后又给他加了薪水。１８７２年由于他拒绝受聘到另一所大学，作为回报，巴塞尔大学又把他的薪水提高到４０００法郎。
年轻的尼采教授现在已经有了一个人们通常会羡慕的地位和前程。如果他安于现状，循此渐进，就会有一个安稳、舒适、受人尊敬的生活条件，在学术界也会像他的恩师那样成为这个专业的权威──正像里契尔教授在给巴塞尔大学的推荐信中所预言的那样。
但尼采没有顺应这个预言，他的天性使他注定要走另一条道路，那是充满孤独、坎坷、困苦的道路。他从来不是一个肯安分的人。
虽然尼采不喜欢与同事结交，但巴塞尔大学绝非文化的荒漠，那里也是藏龙卧虎之地。慢慢地，在不经意间，尼采也有了两三个要好的朋友。
一个是弗兰兹·奥弗贝克，教宗教史的一位年轻教授。他比尼采晚一年来巴塞尔。他们同住一栋宿舍楼。奥弗贝克教授精力充沛，才思敏捷；他生于德国而又受过法国教育，了解现实中的各种问题。他对于尼采有较深的理解，在尼采遇到困难时他不遗余力地给予大量帮助。这是一个忠实可靠的朋友，他同尼采的友谊一直保持到终生。
还有一个朋友罗蒙特，他是未经国家聘请、不拿薪水的大学教师。罗蒙特是叔本华的信徒，因此与尼采交往密切。关于叔本华他们有许多东西可以讨论，虽然在交往中尼采感到罗蒙特对于叔本华的理解同自己并不完全一样：尼采在叔本华的悲观主义中仍然感到一种生命的活力，一种理想的闪光；而罗蒙特似乎更加悲观一些，他的性格显得有些懦弱。
这两个都是年纪相当的年轻人。还有一个朋友是比尼采年长２６岁、已经当了１０年教授的雅各布·布克哈特。他是研究希腊文化史的专家，艺术系教授。尼采同布克哈特在美学和古典文学方面有相近的看法，彼此深有好感，因此有着密切关系。
尼采十分尊敬这位忘年之交，认为他很有才华而且有个性，称他为权威；除了里契尔外，布克哈特是唯一获得尼采如此称誉的人。他们是同事，常常在课间见面，然后一起交谈；要是遇上好天气，就一起沿着平台散步。不远处的莱茵河水在他们眼下流淌，而他们的思路也就顺着流动起来。
尽管有这三两个朋友可以交谈，尼采最大的慰藉还是远在异地的洛德。他觉得真正了解他的仍然是这个经常以争论激发他的创造性的朋友。在给洛德的信中他大发感慨：
“唉，亲爱的朋友，我几乎没有什么称心如意的事；孤独，不尽的孤独，我不得不在心中一遍遍地咀嚼它们。唉，我宁可生一场大病，假如能以此换取和您一个晚上的交谈，写信是多么不管用啊！人总是需要助产士的帮助才能出生，可是当我们孕育了自己的想法时，却根本没人支持我们，在艰难的分娩时刻也没人帮助我们：这种时刻是那么的阴郁。我们只能将那些还很沉重和不成形的思想产生在某个黑暗的洞穴里。友谊的阳光永远不会照耀到它们的身上！”
所以，当他获悉巴塞尔大学空出一个哲学教授名额时，不觉大喜。他怂恿洛德申请巴塞尔大学语言学教授席位，而他自己则打算改任哲学教授一职。这样既满足了他向哲学转向的愿望，两个朋友又可以再朝夕相处。但这个努力没有成功。尼采感到十分沮丧。洛德去了基尔，尼采只得依然当他的语言学教授。
正如整个世界的历史一样，个体的历史，如果你仔细回味一下，就会发现它往往在不断地重复着某一个相同的东西，只是表现形式有所变化罢了。
现在尼采又有一个新的设想：他想建立一个类似柏拉图学园的世俗修道院。他对这事看得很重，一开始对任何人都没有透露自己的想法，只是在对洛德几经试探之后，到了１８７０年底，才在给洛德的信中明确宣布这件事：“我们要创建一种新型的希腊式学园：罗蒙特可以做我们的盟友。我正在为所有那些还没有被现代生活方式完全征服和窒息的人准备着一个巨大的世俗修道院。我们可以去一个小岛尝试一下；在那里，我们用不着再用蜡来封住自己的耳朵。那时我们将互为师徒。”他还告诉洛德，为了实现这项计划，他已经开始节省开支，以便设立一个小小的储备基金。
尼采想通过这种方式，把自己的朋友们，如洛德、戈斯多夫、杜森、奥弗贝克、罗蒙特等聚集在一起，作为现代隐士而共同生活，不受任何职务和行政干预的影响，专心从事思想和艺术活动，超越大众和社会，从而成为德国民族的精神中心。
显然，这是尼采那个“小团体癖”的继续和发展。在中学时有他和宾德、克鲁格组成的“日耳曼尼亚”文化社团；在莱比锡，有大学生语言学研究会；那么，现在，尼采希望有个柏拉图式的学园。在所有这些活动中，他，尼采，始终都是灵魂和核心。
在洛德前封回信中，尼采读出洛德会同意他的计划的信息，所以他公开了自己的设想，并焦急地等待着洛德的回信。新年之初，回信到了；完全出乎尼采的意料，洛德的回答是“不”。
洛德在信中直言不讳地说：“假如为了叔本华、贝多芬，为了瓦格纳，事情就不同了，可事实是为了您，亲爱的朋友。我得期待着一种截然不同的生活。”显然，洛德是同他关系对等的朋友而不是对他言听计从的信徒；他不认为尼采的设想有任何现实的可能和意义。连这位最知心的朋友的态度尚且如此，余者等而下之，就不用提了。尼采只有作罢。
不过尼采憧憬的这种生活──同几个朋友一起，过着独立于世、隔绝于世的生活，类似宗教修行，耽于沉思──作为一种理想，一直没有放弃过。只要一有可能，他就试图再次构建这样一个精神王国。到了最后，实在没有别人了，他就一个人孤独地实践自己的计划，虽九死一生而不悔！
大概可以说，尼采到巴塞尔任教几年来，一直在实践着自己开头作出的承诺：不当一个职业庸人，不让自己限制在语言学的狭窄领域内，紧紧把握自己的哲学原则，而且把这些原则传授给学生。
在学术方面，尼采把自己对古典语言学研究同对叔本华哲学的体会、对瓦格纳音乐的感受紧密揉和在一起。在１８７０年初给洛德的信中，尼采写道：“科学、艺术和哲学现在在我心中共同生长，因此无论如何我将会产生出半人半马的怪物来。”
过了一年，在１８７１年２月，因病在卢加诺休养的尼采对洛德说得更明确了：“我已经干脆把语言学放到一边。人们也许赞赏我，也许批评我，也许给我极高的荣誉，也许只是随心所欲地加以谈论；对此，我丝毫无意理睬。我一天比一天更深地进入哲学领域，而且我开始有了自信；假如我从前想做一个诗人，那么从现在起，我感到自己更喜爱哲学。我不知道，也不想知道，是不是命运在引导我。不过当我审视自己时，我觉得一切都与我的内心完全一致，就好象我追随着某个伟大的精灵。……一会儿是某种新的形而上学的片断，一会儿是一种在心中渐趋成熟的新的审美观，一会儿是另一种想法；一种全新的教育原则在向我招手，它要求彻底抛弃我们原有的大学教育原则。”
关于最后一点，作为一个有着将近两年教学生涯的教师和原先的学生，他有一整套想法要解说。经过一段时间的准备和酝酿，从１８７２年２月到３月，尼采以《我国教育设施的未来》为题作了几次公开演讲，全面阐述了自己的教育思想，揭示了现行教育体制的弊端，提出了改革的设想和办法。尼采的演讲以其内容新颖、见解独特、议论切中弊端而给听众留下深刻印象，总的来说受到热烈欢迎，是很成功的。
尼采认为，现行教育体制表面上关心民众文化水平的提高，实际上降低了教育水平。因为它只是注意培养那些具有专门知识的人员，根本没有考虑到提高他们的一般文化素质。尼采的态度很明确：他反对这种专门化。因为这样培养出来的人只会满足现状，没有任何批判精神。
在尼采看来，仅仅采用普及教育的方式并不能解决民族文化素质提高的问题。在为大多数人建立职业学校的同时，也应该为那些社会精英办些第一流的学校，使他们可以直到３０岁还在学习。
尼采特别谈到新闻媒介与教育间的关系。他认为现在新闻媒介所担负的教育作用已经大大超出它所应该担负的程度。报刊甚至代替了教育机构，这就大大降低了教育的水平。
尼采在演讲中大声呼吁要恢复德国精神，以此作为教育的出发点和归宿。尼采关于教育的思想是同他整个哲学思想联系在一起的。教育专门化的弊病关涉到怎样看待知识、科学在人生中的地位问题和文化的批判功能问题；普及教育的缺点关涉到怎样看待大众和天才人物的关系问题和历史的动力问题；新闻媒介代替教育机构关涉到怎样看待文化的质量和水平问题；……在尼采那里，教育有着广泛的含义，与文化和国民素质几乎是同义语。他在演讲中提出一些基本思想，在以后通过著作的形式得到进一步的深化。
