不合理的围海造陆，破坏海岸自然景观环境，破坏海洋生物链，使海洋生物锐减，造成生态环境和社会经济问题。
例如：在填海造陆的过程中会毁掉大批红树林。红树林素有“海上森林”之称，它是热带、亚热带沿海潮间带特有的木本植物群落，其生态系统具有沉泥积淤、加速成陆过程、净化海化、预防赤潮、清新空气、绿化环境等多种功能，还可为鱼类、无脊椎动物和鸟类提供栖息、摄食和繁育场所，因而又是最富生物多样性的区域，号称鱼、虾、蟹、贝的天堂、鸟类的的安乐窝。近40年，我国红树林面积由4.83万公顷锐减到1.51万公顷，大部分是因为围海造陆给毁掉的，红树林资源锐减换来的是海滨生态环境的恶化、海岸国土侵蚀日益严重、台风暴潮损失加剧、近海珍珠养殖业整体衰败、滩涂养虾暴病、林区和近海渔业资源减少等等。
围海造陆使海水潮差变小，潮汐的冲刷能力降低，港内纳潮量减少，海水的自净能力也随之减弱，导致水质日益恶化，加上围海造陆的陆地主要用于城市建设和工农业生产，各种污染物较多，也导致海洋受到污染。
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