自然生态系统的种类较多，可以分为水生生态系统和陆地生态系统，其中水生生态系统有海洋生态系统、河流生态系统、湖泊生态系统、湿地生态系统(介于水生生态系统和陆地生态系统)等;陆地生态系统包括森林生态系统、草原生态系统、荒漠生态系统、冰原生态系统等。
1.海洋生态系统是海洋中由生物群落及其环境相互作用所构成的自然系统;
2.河流生态系统是指河流水体的生态系统，属流水生态系统的一种，是陆地和海洋联系的纽带，在生物圈的物质循环中起着主要作用;
3.湿地生态系统属于水域生态系统。其生物群落由水生和陆生种类组成，物质循环、能量流动和物种迁移与演变活跃，具有较高的生态多样性、物种多样性和生物生产力。
4.森林生态系统是以乔木为主体的生物群落(包括植物、动物和微生物)及其非生物环境(光、热、水、气、土壤等)综合组成的生态系统。
5.草原生态系统是草原地区生物〔植物、动物、微生物〕和草原地区非生物环境构成的，进行物质循环与能量交换的基本机能单位。
6.荒漠生态系统是指分布于干旱地区，极端耐旱植物占优势的生态系统。
7.冻原生态系统又称苔原生态系统，是由极地平原和高山苔原的生物群落与其生存环境所组合成的综合体。
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