从生存环境来说，黑枸杞多分布在高山沙林、盐化沙地、荒漠河岸中，生长在人类几乎无法生存的荒山野岭，生长条件十分艰苦，是纯野生、无污染的，产量稀少，十分珍贵；而红枸杞已经可以人工大量种植。
黑枸杞富含的是花青素，而红枸杞没有，它主要含的是胡萝卜素。黑枸杞和红枸杞的区别最大的就是黑枸杞含大量的原花青素，是迄今为止，发现原花青素OPC含量最高的天然野生植物，而红枸杞没有。花青素是最有效的天然自由基清除剂，其抗氧化、抗自由基的能力是维生素C的20倍、 维生素E的50倍，经常食用可以美容养颜、抗衰老，因此被称为“口服的皮肤化妆品”。另外，花青素还具有安神助眠、护眼明目、抵抗辐射、预防癌症等多种功效。黑枸杞的提取物具有降血脂、降血糖、抗氧化、免疫调节、延缓衰老、预防心血管疾病和动脉硬化等功效。
红枸杞主要含有多糖、胡萝卜素、维生素、氨基酸以及锌、铁、钙等微量元素，被誉为当今地球上的唯一“全营养素食物”。其功效主要有养肝明目、补肾益精、消除疲劳、抗肿瘤等，是任何人均可长期服用的滋补性好的药食同源的食材。
黑枸杞和红枸杞除了明显的颜色不同外，还有，黑枸杞因为是野生的，颗粒小，扁圆形的黑色果实；而红枸杞外观上则是扁长型的红色果实。
