近年来，农信社的发展处于黄金发展期，2007年—2011年5年期间平均资产同比增速达1%—4．2%，效益提高质量好转。农信社系统一方面担心自上而下的改革偏离农信社实际，破坏了当前良好的发展态势，不愿意再“折腾”；另一方面又迫于市场压力，希望能适当完善现有管理体制，提高系统的竞争力和灵活性。当前是充分吸纳农信社各利益相关者意见，在坚持因地制宜、分类指导的改革原则下，明确农信社发展定位、完善农信社管理体制的关键时期。
——经济发展阶段转化和周期性波动要求农信社尽快明确并完成改革
未来3年—5年，我国经济发展将处于重要的阶段转换期，经济潜在增长速度趋于下降，原有的结构矛盾需要通过一定方式调整，面临去产能和去杠杆的风险。与此同时，2008年以来极度宽松的财政和货币政策趋向正常化，经济周期处于下行阶段。虽然中小企业是经济发展的希望，但在经济周期下行和阶段转换过程中，中小企业特别是小微企业抵御风险能力较弱，往往是最先调整的群体。
农信社经营状况和资产质量的好转，既有农信社改革及清理历史包袱的原因，也与这些年经济高位运行、其他金融机构大量从农村地区撤离、“三农”领域的发展得到高度重视，在政策和价格等有利条件下，重新获得发展等宏观环境有关。其中，在农信社转制为农商行过程中，利用了农信社经营状况好转带来的股权溢价，消化了部分历史包袱。同时，也由于经营状况较好，农商行对股东的分红较为丰厚，股东利益与农商行仍保持必要的政策性业务管理要求？穴业务重点和区域重点？雪、省联社对农商行的管理边界界定等，没有产生过于强烈的直接冲突。但是一旦经济周期下行，特别是小微企业风险事件大量爆发、农信社的经营状况和资产质量有可能恶化的时候，股东和农商行的市场定位冲突就可能越发激烈。如果考虑到部分农信社在改制过程中采取了行政摊派的方式吸收股东入股的情况，农信社经营状况良好则矛盾自然化解，一旦重新出现风险，可能会引发实质性冲突，甚至部分股东会要求退股，进一步恶化农信社的资本充足率状况。
——农信社系统管理架构、治理机制和运行模式不协调急需改革
管理架构和治理机制并不存在最优模式，核心是形成适应机构运行模式的有效激励约束机制。我国地区差异显著，管理和治理机制应有灵活性。目前，省联社与农商行之间的冲突以及农商行本身的治理缺陷，已成为制约农信社发展的制度因素。
一是省联社与农商行等单一法人机构之间的矛盾日益积累，农信社特别是农商行的转型压力，与省联社倾向于相对稳定、封闭的系统之间的矛盾日益突出。这已成为制约提高农信社竞争力的重要因素。今年全国金融工作会议明确提出，“省联社淡出行政管理，强化服务职能”。为此，如何进一步明确省联社的职能边界和管理手段、理顺两者的产权和管理结构、实现在业务和服务中的良性互动，成为关键。
