补充侦查是为案件的处理提供足够的证据资料，在原有侦查工作的基础上，对原有侦查工作的不足或薄弱部分重新进行侦查。中国刑事诉讼法规定，人民检察院审查案件，认为需要补充侦查的，可自行侦查，也可退回公安机关补充侦查。人民法院对提起公诉的案件，认为主要事实不清，证据不足的，可退回检察院补充侦查。根据2012年3月14日第十一届全国人民代表大会第五次会议《关于修改〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的决定》第二次修正)，《刑事诉讼法》第88条(原68条)、第171条(原140条)和第198条(原165条)的规定，补充侦查在程序上有三种，即审查批捕阶段的补充侦查、审查起诉阶段的补充侦查和法庭审理阶段的补充侦查。
关于审查批捕阶段的补充侦查，《刑事诉讼法》第68条规定，人民检察院对于公安机关提请批准逮捕的案件进行审查后，对于不批准逮捕的，人民检察院应当说明理由，需要补充侦查的，应当同时通知公安机关。但六机关《规定》第27条对《刑事诉讼法》第68条的解释为人民检察院审查公安机关提请批准逮捕的案件，应当作出批准或者不批准逮捕的决定，对报请批准逮捕的案件不另行侦查”。这一规定，实际上已取消了审查批捕阶段的退回补充侦查程序。
二、法律依据
《人民检察院刑事诉讼规则》
第二百六十二条
对于公安机关移送审查起诉的案件，发现犯罪嫌疑人没有违法犯罪行为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关处理;发现犯罪事实并非犯罪嫌疑人所为的，应当书面说明理由将案卷退回公安机关并建议公安机关重新侦查。如果犯罪嫌疑人已经被逮捕，应当撤销逮捕决定，通知公安机关立即释放。
第二百六十三条
审查起诉部门对于本院侦查部门移送审查起诉的案件，发现具有本规则第二百六十二条规定的情形之一的，应当退回本院侦查部门建议作出撤销案件的处理。
补充侦查在司法实践中是正常的审理程序，检察机关在对有疑义的诉讼案件进行处理时，可以按照法律规定的相关情况进行处理，特别是在补充侦查期间，应当由公安机关对犯罪事实和犯罪证据进一步进行合法的认定，并提交到检察机关进行再次司法审理。
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