一、技术合同先交税还是先备案?
备案审核关注点在合同，所以与外方的合同拟定时，除了考虑合同双方，一定要充分考虑主管机关对合同认定的考察情况，另外无论是退税还是免税，合同、收入、银行进账，相应的税金一定要清晰且对应;税局受理退税或者免税的前提一定是经由第三方(商务或者技术市场)备案认可后，为了最好的风险控制，一定要先完成备案再办理退税或者免税的认定。
流程操作：
1、需要拿着符合规定的技术合同一式两份，用户需求报告和解决方案一式一份都盖齐缝章，到技术市场进行备案;
2、技术市场认定看后，如果没问题会给一个技术合同号，并在合同上盖上“已备案”字样。
3、如果需要提奖酬金，需填表，花上30元购表费;
注意：不同的技术市场办公点收的费用不一样，有的地方免费给表。
4、办完以上手续后，就可以去地税专管员处办税务手续了。
二、技术合同免税规定
(1)财政部国家税务总局规定：对单位和个人(包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人)从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。
技术转让是指转让者将其拥有的专利和非专利技术的所有权或使用权有偿转让他人的行为。
技术开发是指开发者接受他人委托，就新技术、新产品、新工艺或者新材料及其系统进行研究开发的行为。
技术咨询是指就特定技术项目提供可行性论证、技术预测、专题技术调查、分析评价报告等。
与技术转让、技术开发相关的技术咨询、技术服务业务是指转让方(或受托方)根据技术转让或开发合同的规定，为帮助受让方(或委托方)掌握所转让(或委托开发)的技术，而提供的技术咨询、技术服务业务。且这部分技术咨询、服务的价款与技术转让(或开发)的价款是开在同一张发票上的。
(2)免征营业税的技术转让、开发的营业额的确定方法为：
①以图纸、资料等为载体提供已有技术或开发成果的，其免税营业额为向对方收取的全部价款和价外费用。
②以样品、样机、设备等货物为载体提供已有技术或开发成果的，其免税营业额不包括货物的价值。对样品、样机、设备等货物，应当按有关规定征收增值税。转让方(或受托方)应分别反映货物的价值与技术转让、开发的价值，如果货物部分价格明显偏低，应按《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第16条的规定，由主管税务机关核定计税价格。
(3)免税的程序如下：
①单位和个人(不包括外资企业、外籍个人)从事技术转让，开发业务申请免征营业税时，须持技术转让、技术开发的书面合同到省级科技主管部门进行认定，并将认定后的合同及有关证明材料文件报主管地方税务局备查。主管地方税务局要不定期地对纳税人申报享受减免税的技术转让、技术开发合同进行检查，对不符合减免税条件的单位和个人要取消税收优惠政策，同时追缴其所减免的税款，并按照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚。
外国企业和外籍个人从境外向中国境内转让技术需要免征营业税的，需提供技术转让或技术开发书面合同、纳税人或其授权人书面申请以及技术受让方所在地的省级科技主管部门审核意见证明，经省级税务主管机关审核后，上报国家税务总局批准。
②在科技和税务部门审核批准以前，纳税人应当先按有关规定缴纳营业税，待科技、税务部门审核后，再从以后应纳的营业税款中抵交，如以后一年内未发生应纳营业税的行为，或其应纳税款不足以抵顶免税额的，纳税人可向负责征收的税务机关申请办理退税。
依据法律规定，一般技术开发合同做合同备案然后才可以办理免税。技术开发合同申请免税当得到最终认定免税的通知后，即可开具发票给客户，并在当月申报过程中填写免税金额，以抵消税款。
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