调解协议可以确认合同效力纠纷，存在合同效力纠纷的合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解如，一方或双方是国有企业的，可以要求上级机关进行调解。上级机关应在平等的基础上分清是非进行调解，而不能进行行政干预。当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
二、通过起诉的方式来确认合同效力纠纷的流程
1、人民法院审理民事案件，除涉及国家秘密、个人隐私或者法律另有规定的以外，实行公开审理。对决定开庭审理的案件，将在开庭三日前通知双方当事人。
2、开庭审理大致分为法庭调查、法庭辩论和评议，宣判等几个阶段。如果您提出回避申请，需要说明理由。如果不提出申请或者申请被驳回，庭审将继续进行。
3、在法庭调查阶段，审判长或审判员将组织双方当事人，针对自己的请求和主张，按顺序分别举证、质证。质证是当事人围绕证据的真实性、关联性、合法性、针对证据有无证明力以及证明力大小，进行质疑、说明和辩驳。
4、在法庭辩论阶段，审判长或审判员将组织双方当事人针对争议焦点，围绕全案事实、法律责任等发表意见。
5、在评议、宣判阶段，合议庭或审判员将对庭审情况进行总结，对双方当事人发表的意见进行评议，表明是否予以支持，并阐明理由。
6、如果您是原告，经法院传票传唤无正当理由拒不到庭的，法院可以按撤诉处理;被告反诉的可以缺席判决。
7、作为当事人，在宣判前任何诉讼阶段，您都可以同对方当事人进行和解，或者请求人民法院主持调解。如果不同意调解或未达成调解协议，人民法院将继续审理并作出判决。
调解协议的法律效力也是需要由调解机构或者司法机关来进行认定的，对于合同效力纠纷存在异议的，应当严格基于实际的合同条款和内容来进行办理，如果对相关事项的处理不清楚的，可以咨询律师来进行界定，避免法律适用错误。
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