区别主要在于法人的适用不同，我国《民法典（自2021年1月1日施行）》规定，为公益目的或者其他非营利目的成立，不向出资人、设立人或者会员分配所取得利润的法人，为非营利法人。为公益目的或者其他非营利目的成立，不向出资人、设立人或者会员分配所取得利润的法人，为非营利法人。非营利法人包括事业单位、社会团体、基金会、社会服务机构等。
而特别法人是由政府全额出资并明确其法人地位，由国家通过专门的法规和政策来规范，不受公司法规范。这类国有企业被赋予强制性社会公共目标，没有经济性目标，也就是说，它们的作用是直接提供公共服务。像国防设施、城市公交、城市绿化、水利等，应该归入这类企业。这类企业需要由公共财政给予补贴才能维持其正常运行。
二、特别法人的特点
特殊法人企业是相对于普通商事企业而言的。其特殊性表面上在于其受特别法律规范，经营管理方式特别，本质上在于其具有特别职能。从产权角度来说，特殊法人企业由国家单独出资，出资人唯一，这与国有独资公司一致，但特殊法人企业不采取公司的企业形式，不受《公司法》和一般商法规范的约束。特殊法人企业依照专门法律设立，受专门法律调整，一般不要求作商事登记，其具体组织机构也由特别法规定。
在经营上，特殊法人企业独立核算，但不负盈亏而靠财政维持，若有亏损由财政弥补。政府依法对其产品价格进行控制。目前在我国，特殊法人企业还停留在理论概念上，我们认为应当借鉴西方发达国家经验，推进特殊法人企业的专门立法，建立特殊法人企业制度。
需要明确的是，对于特别法人的认定，由于其设置的主体属性一般是国家机关或者基层组织，所以是不受公司法的相关规定来处理的，特别是对于法人的更换等行为，是可以由上级组织决定的，对于非营利性法人则需要按照公司法的相关规定来认定。
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