先天畸形医保给报销的。居民医保是国家福利，不管什么合理的原因住院，凡是在国家规定的报销范围之内的都是按照比例报销的。只有在商业保险办理时，才会有先天疾病拒保、先天疾病不理赔的事情。
《中华人民共和国社会保险法》第三十条，下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：
（一）应当从工伤保险基金中支付的；
（二）应当由第三人负担的；
（三）应当由公共卫生负担的；
（四）在境外就医的。
医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
《中华人民共和国社会保险法实施细则》
第八条
参保人员在协议医疗机构发生的医疗费用，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准的，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。 参保人员确需急诊、抢救的，可以在非协议医疗机构就医;因抢救必须使用的药品可以适当放宽范围。参保人员急诊、抢救的医疗服务具体管理办法由统筹地区根据当地实际情况制定。
延伸阅读：
非交通撞伤医保报销吗?
交通伤医保可以报销吗？
现在放疗费用医保报销吗？
