(1)责令重新安装或使用。环境行政主体可责令未经同意而擅自拆除或者闲置污染防治设施，排放污染物超过规定标准的环境行政相对人安装和使用污染防治设施。
(2)责令停止生产或使用。它是指环境行政主体对污染防治设施没有建成或者没有达到国家规定要求就投入生产或使用的建设项目，责令其停止生产或使用的一种行为罚的方式。实施这种行政处罚的特定主体为批准该建设项目的环境影响报告书的环境保护行政主管部门，如果环境行政相对人有建设项目，但是没有进行污染防治设施建设，或者虽然进行了建设但没有达到国家规定的要求便投入生产或使用，环境行政主体就可以责令其停止生产或使用，不管这类违法行为是否造成了环境污染和危害的后果。
(3)责令停业或关闭。它是指作出限期治理决定的人民政府，对逾期未完成限期治理任务的环境行政相对人，责令其不得继续生产或经营的一种环境行政处罚方式。责令停业或关闭是一种最为严重的环境行政处罚方式，它意味着被处罚的环境行政相对人的从业资格的不复存在，不能再从事原先的生产经营项目。根据我国《环境保护法》第39条第2款的规定，作出责令停业、关闭的主体是作出限期治理决定的人民政府，责令中央直接管辖的企业、事业单位停业、关闭，须报国务院批准;其实施的对象是经人民政府决定限期治理而逾期未完成治理任务的环境行政相对人。
(4)责令限期治理。根据《海洋环境保护法》第41条的规定，海洋环境保护行政主管部门对在我国海域航行时污染损害海洋环境的船舶，有权强制其在一定期限内完成治理任务。行政相对人对海洋环境保护行政主管部门的限期治理决定不服，可以在收到处罚通知书之日起15日内申请复议或者直接向人民法院提起环境行政诉讼。
(5)责令支付消除污染费用和责令赔偿国家损失。这两种处罚方式是适用于海洋环境保护领域的特殊处罚方式，它们被具体规定在《海洋环境保护法》第41条中。海洋环境保护行政主管部门对造成海洋污染损害而使环境质量下降的单位，可以强制其支付恢复环境质量的费用。如果受害者无力从事恢复环境质量的工作，可以支付费用给他人从事此项恢复工作。海洋环境保护行政主管部门对污染海洋环境并造成损失的船舶可以强制赔偿国家损失。
此外，根据《环境行政处罚办法》第10条的规定，环境行政处罚的种类有： （一）警告； （二）罚款； （三）责令停产整顿； （四）责令停产、停业、关闭； （五）暂扣、吊销许可证或者其他具有许可性质的证件； （六）没收违法所得、没收非法财物； （七）行政拘留； （八）法律、行政法规设定的其他行政处罚种类。
二、《环境行政处罚办法》有关管辖规定
第十七条 案件管辖
县级以上环境保护主管部门管辖本行政区域的环境行政处罚案件。 造成跨行政区域污染的行政处罚案件，由污染行为发生地环境保护主管部门管辖。
第十八条 优先管辖
两个以上环境保护主管部门都有管辖权的环境行政处罚案件，由最先发现或者最先接到举报的环境保护主管部门管辖。
第十九条 管辖争议解决
对行政处罚案件的管辖权发生争议时，争议双方应报请共同的上一级环境保护主管部门指定管辖。
第二十条 指定管辖
下级环境保护主管部门认为其管辖的案件重大、疑难或者实施处罚有困难的，可以报请上一级环境保护主管部门指定管辖。 上一级环境保护主管部门认为下级环境保护主管部门实施处罚确有困难或者不能独立行使处罚权的，经通知下级环境保护主管部门和当事人，可以对下级环境保护主管部门管辖的案件指定管辖。 上级环境保护主管部门可以将其管辖的案件交由有管辖权的下级环境保护主管部门实施行政处罚。
有关环境保护的具体情况，是可以基于上述法律规定的程序和要求来进行办理的，特别是对于行政处罚的具体情况，也是需要根据不同的涉案情况以及造成的事实后果来进行量刑的，达到严重恶劣的情节还可能涉及到刑事责任。
延伸阅读：
行政处罚告知书是怎样的
行政处罚法实施细则包括哪些
