环境保护部环境行政处罚程序规定的依据是《环境行政处罚办法》，明确规定了公民、法人或者其他组织违反环境保护法律、法规或者规章规定，应当给予环境行政处罚的，应当依照《中华人民共和国行政处罚法》和本办法规定的程序实施。实施环境行政处罚，坚持教育与处罚相结合，服务与管理相结合，引导和教育公民、法人或者其他组织自觉守法。
第十条 处罚种类，根据法律、行政法规和部门规章，环境行政处罚的种类有：
(一)警告;
(二)罚款;
(三)责令停产整顿;
(四)责令停产、停业、关闭;
(五)暂扣、吊销许可证或者其他具有许可性质的证件;
(六)没收违法所得、没收非法财物;
(七)行政拘留;
第十四条 处罚主体
县级以上环境保护主管部门在法定职权范围内实施环境行政处罚。 经法律、行政法规、地方性法规授权的环境监察机构在授权范围内实施环境行政处罚，适用本办法关于环境保护主管部门的规定。
第十五条 委托处罚
环境保护主管部门可以在其法定职权范围内委托环境监察机构实施行政处罚。受委托的环境监察机构在委托范围内，以委托其处罚的环境保护主管部门名义实施行政处罚。 委托处罚的环境保护主管部门，负责监督受委托的环境监察机构实施行政处罚的行为，并对该行为的后果承担法律责任。
第十六条 外部移送
发现不属于环境保护主管部门管辖的案件，应当按照有关要求和时限移送有管辖权的机关处理。 涉嫌违法依法应当由人民政府实施责令停产整顿、责令停业、关闭的案件，环境保护主管部门应当立案调查，并提出处理建议报本级人民政府。 涉嫌违法依法应当实施行政拘留的案件，移送公安机关。 涉嫌党纪、政纪的案件，移送纪检、监察部门。 涉嫌犯罪的案件，按照《行政执法机关移送涉嫌犯罪案件的规定》等有关规定移送司法机关，不得以行政处罚代替刑事处罚。
第十七条 案件管辖
县级以上环境保护主管部门管辖本行政区域的环境行政处罚案件。 造成跨行政区域污染的行政处罚案件，由污染行为发生地环境保护主管部门管辖。
第十八条 优先管辖
两个以上环境保护主管部门都有管辖权的环境行政处罚案件，由最先发现或者最先接到举报的环境保护主管部门管辖。
以上就是我国法律上对于环境行政处罚的具体适用情况，相关事项的处理上，一方面是需要基于实际的涉案情况来进行认定的，另一方面也需要对行政处罚的方式和类型进行认定，并由行政机关根据实际来进行办理，避免法律适用错误的情况。
