一、施工备案合同可以有补充协议吗？
施工合同是不需要进行备案的，可以有补充协议。
依据《招投标法》
第四十六条规定，“招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议”。
第二条规定，“在中华人民共和国境内进行招标投标活动，适用本法”。即虽然不是必须招投标的工程项目，但是，当事人进行了招投标，就适用招投标法，受招投标法的规范和调整。
二、建筑施工合同发生纠纷的解决方式是什么？
1、和解。和解是指当事人因合同发生纠纷时可以再行协商，在尊重双方利益的基础上，就争议的事项达成一致，从而解决纠纷的方式。和解是当事人自由选择的在自愿原则下解决台同纠纷的方式，而不是合同纠纷解决的必经程序。当事人也可以不经协商和解而直接选择其他解决纠纷的途径。
2、调解。凋解是指在第三人的主持下，通过运用说服教育等方法来解决当事人之间的合同纠纷。调解有两种方式一是人民调解委员会调解当事人发生合同纠纷，可以向纠纷当事人所在地或者纠纷发生地的人民调解委员会申请调解。二是行政调解。主要特指工商行政管理机关居中对合同当事人的纠纷进行调解。申请行政调解的纠纷必须具备以下条件：申请人必须是与本案有直接利害关系的当事人，有明确的被申请人、具体的调解请求和事实根据;符合工商行政管理机关受理案件范围的规定。但已经向人民法院起诉的或者已经向仲裁机构申请裁的。从及一方要求调解另一方不同意调解的，调解申请不于受理。 双方当事人接受调解达成协议的，应当制作调解协议书，当事人即应当按照调解协议书履行各自的义务。由于调解协议书不具有法律强制力，一方当事人不履行的，对方当事人不能就此请求人民法院强制执行，但可以采用其他方式来解决争议。
3、仲裁。仲裁是指发生合同争议的双方当事人，根据争议发生前或发生后达成的仲裁协议，将纠纷提交仲裁机关进行裁决并解决纠纷的方式。仲裁具有“准司法”性质，仲裁机构作出的仲裁裁决具有法律效力，当事人应当履行。
4、诉讼。诉讼是指合同纠纷发生后，当事人如果没有仲裁协议，任何一方均可以向人民法院提起民事诉讼，请求人民法院对合同纠纷依法予以处理。这是解决合同纠纷的最常见方式。合同纠纷经人民法院审理并作出判决后，当事人对人民法院作出的发生法律效力的判决书，调解书必须履行，拒不履行的，另一方当事人可以申请人民法院强制执行。
建筑施工和发生纠纷的解决方式首先是双方当事人进行协商和调解；其次是可以向仲裁机构申请民事仲裁；最后就是向人民法院申请民事诉讼的。
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