原先通过划拨等方式拿到土地的使用者后期如进行有偿转让、出租、抵押时须按规定补交土地出让金。
土地出让金是指各级政府土地管理部门将土地使用权出让给土地使用者，按规定向受让人收取的土地出让的全部价款(指土地出让的交易总额)，或土地使用期满，土地使用者需要续期而向土地管理部门缴纳的续期土地出让价款，或原通过行政划拨获得土地使用权的土地使用者，将土地使用权有偿转让、出租、抵押、作价入股和投资，按规定补交的土地出让价款。
1、个人住房土地使用权转让应补交的土地出让金标准：1990年5月19日以前取得的，按签订出让合同之日的标定地价的30%收取;1990年5月19日(含当日，下同)以后取得的，按签订出让合同之日的标定地价的60%收取。
2、已购公有住房(含集资建房)、经济适用房按规定允许转让的，按签订出让合同之日的标定地价的10%收取。已购房改房、经济适用房以市场价购买的部分在进入市场时，不再补缴土地出让金。
3、由政府统一实施的拆迁安置房转让应补交的土地出让金标准：被拆迁户原土地使用权为1990年5月19日以前取得的，按申办转让手续之日的标定地价的30%收取;被拆迁户原土地使用权为1990年5月19日以后取得的，按申办转让手续之日的标定地价的60%收取。被拆迁户原土地如属于以出让方式取得的，或拆迁安置房按市场价购买的部分不再收取土地出让金。
4、以划拨方式取得国有建设用地使用权的工业用地补办出让应补交的土地出让金标准：1990年5月19日以前取得的，按标定地价的30%收取;1990年5月19日以后取得的，按标定地价的50%收取。
一是对开发企业为政府建造学校、幼儿园等公共配套设施而取得土地金返还款的处理意见。
有的认为应该视同销售处理,征收营业税、企业所得税和土地增值税;有的则认为,开发企业建造的学校、幼儿园等公共配套设施是无偿赠送给政府部门的,与土地出让金返还没有直接的联系,所以不应征收营业税。
二是对开发企业取得土地出让金返还用于“七通一平”基础设施工程的处理意见。
有的认为对开发企业应视同建筑总承包人,征收建筑业营业税和企业所得税。而有的则认为,开发企业已将“七通一平”的基础设施工程分别承包给相关专业部门或专业施工队伍,所以对开发企业不应征收建筑业营业税。
三是对一些外来的开发企业将土地出让金返还款直接汇入集团总公司或其他关联企业的,是否计入开发企业应纳税所得额出现了不同的意见。
四是对开发企业取得土地出让金返还款计算缴纳土地增值税的处理意见。
一种意见认为,开发企业为政府建造的学校、幼儿园等公共配套设施取得的土地出让金返还款,除视同销售收入计算征收土地增值税外,对其他开发企业取得的土地出让金返还款,实质是政府给予企业土地价款的优惠折让,所以,在土地增值税清算时,应将土地出让金返还款抵减房地产开发成本中的土地征用及拆迁补偿费。而另一种意见则认为,既然将开发企业土地出让金返还款作企业所得税的应税收入处理,那么在土地增值税清算时,也应按收入处理,就不应抵减开发成本、费用。此外,对于将土地出让金返还款汇入集团总公司或其他关联企业的开发企业,由于未实际收到财政的返还款,所以此项收入既不能作为土地增值税的计税收入,也不能抵减开发企业的开发成本和费用。
