一、权属来源复杂执法力量薄弱
违法占地建房难以确权。农村违法占地建房是导致确权登记难的重要因素之一。其中既包括历史形成的违法建设，也包括近年新发生的违法建房，主要表现为未批即建、边报边建、少批多建和移位建设。原村庄土地规划对宅基地用地空间预留不足，难以满足村民对宅基地的用地需求，加之部分村民选择的建房位置受地理、“风水”等多方面影响，大多不符合规划无法“落地”，导致未批即建、未批先建、少批多建屡屡发生。再次，宅基地审批程序繁杂。宅基地审批涉及规划、国土、环保、林业等多个部门，手续杂、周期长，村民建房心切，造成未批先建。最后，执法力量薄弱。基层国土所人员、经费和装备不足，缺少依法拆除等强制措施，而违法建房成本低、代价小，往往得不到有效制止。
“一户多宅”点多面广。农村宅基地制度改革要以确权登记颁证工作为基础，坚持“一户一宅”原则。但现实中因“建新不拆旧”、继承祖辈遗产、经营性用地改为宅基地、违法抢建、家庭重组等原因造成的“一户多宅”现象十分突出。按照福建省的标准，一户宅基地面积上限为150平方米，7个“样本村”中“一户多宅”平均占比为20.9%，这种“一户多宅”现象对农村宅基地确权登记发证形成较大阻碍。
历史权属来源不清。一方面，历史权源文件多样难以判断。由于行政区域及管理机构的演变，每个历史阶段的用地手续不尽相同，批准的用地文书形式多样，从50年代至60年代用地契约、到近年各地进行违法用地清查涉及的补办用地协议及证明等，种类多且有的相互夹杂或重复，批准用地位置模糊简单，工作人员在地籍调查过程中难以判断。另一方面，因各种原因导致权源材料缺失难以确认。因个人管理、搬迁、灾毁等原因造成宅基地产权人无法提供合法用地手续或权源的宅基地，其建房时间、权利归属、现状管理等情况难以确认;还存在一幢房子由多户共有，登记申请人无法进行有效举证、早期产权人申请时用名随意，导致申请名称与现身份证登记不一等难以确权的现象也占相当的比例。如长泰县内坊村未确权登记的348户中，因档案缺失和户名不符的情况有38户，占未确权登记户数的10.9%。
宅基地权利人积极性不高。宅基地权利人即使符合登记条件也不申请登记。如一些人外出务工自愿申请登记的意愿不强，一些人对宅基地登记的重要性认识不足，缺乏动力，没有积极性。确权登记的前提是依申请办理，但部分权利人认为自己房子已经使用，登记不登记无所谓。其形成的主要原因是农村宅基地使用权不能单独流转，农民住房财产权抵押、担保、转让的权能尚未得到充分显现。
二、厘清权源分类处置
对违法占地建房予以“有限”登记。对于违法占地建房不能以均不予确权或均以罚款方式处置等一概而论，应根据具体情况分类处理。一方面，在村镇规划编制或实施前因违法占地建房而无法确权登记的，包括未批即建、未批先建、少批多建、移位建设的宅基地应在限定面积内，补办用地审批手续并予以确权登记;对超面积部分先罚款、后补办、再登记。超占面积的罚款可“从低从轻”收取，分档累进。另一方面，村镇规划实施后在规划范围内未批即建、少批多建、未批先建、移位建设的宅基地，在限定面积内补办用地审批手续予以登记;在规划范围以外的宅基地确权登记时只记载其使用现状并明确其“有限”权能，不得用于抵押、交易。超占面积部分同上予以罚款处置。
对“一户多宅”采取协商和有偿方式确权登记。对历史形成的“一户多宅”的，要区分造成多宅现象的原因，与村集体和村民协商处理。原则上申请人只能选择其中的一处宅基地在规定面积范围内进行登记发证，其余宅基地应按照有偿使用的原则，对其收取一定的有偿使用费，提高其拥有多套住房或超占宅基地的持有成本，并由宅基地使用人与村集体经济组织签订拆迁保证书，约定在拆迁时对超占部分仅按建筑成本补偿，不采取产权置换安置。
对历史权属来源不清的简化认定手续确权登记。本着尊重历史和当前现状相结合的原则，对历史权源不清问题具体分析，分类处理。针对可以提供权源材料的情况，认可不同年代政府及土地、建设、规划等职能部门核发的有关批准文件或者盖章确认的有关用地证明材料，将它们作为宅基地登记发证的依据，在登记部门直接予以建档登记造册。针对因各种原因无法提供权源材料的情况，应将符合土地利用总体规划或城乡规划，并符合“一户一宅”及规定面积的，由村(居)委会出具证明，确认宅基地的权利人、面积、范围、取得时间等现状情况，在村镇公告、公示后予以登记发证。
