增值税及其附加税
《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改增增值税试点的通知》附件三营业税改增增值税试点过渡政策规定：土地使用者将土地使用权归还给土地所有者免征增值税，政策性搬迁的企业将自身使用的国有划拨土地归还政府，显然属于免税范围，不用缴纳增值税，与之相关的城建税、教育附加费同样免征。
土地增值税
国家税务总局关于印发《土地增值税宣传提纲》的通知(规定，因国家建设需要依法征用、收回的房地产，免征土地增值税，因此，政策性搬迁企业收到的补偿款不用缴纳土地增值税。
印花税
政策性搬迁企业与政府签订的是地块征收补偿协议，不属于印花税列举的应税项目，不缴纳印花税。
企业所得税
国家税务总局公告，即企业尚未完成搬迁且符合本公告规定的搬迁事项，一律按本公告执行;本公告生效年度以前已经完成搬迁且已按原规定进行税务处理的，不再调整，故着重以公告为依据进行分析。
公告按照政策性搬迁过程中涉及的搬迁收入、搬迁支出、搬迁资产税务处理、搬迁所得等所得税征收管理事项逻辑，对企业政策性搬迁涉及的所得税进行了全面规范。借鉴土地增值税和房地产项目企业所得税按项目周期清算、递延亏损弥补期限等是该公告最大亮点。
二、非承租企业拆迁如何补偿？
关于非承租企业的拆迁补偿问题除应当补偿的费用之外，至少还应当包括以下两个方面的补偿：
1、厂房及其他不动产的征收补偿。该部分补偿标准一般由省、市政府制定，或者按照重置成新价，由双方共同指定的评估机构进行评估。
2、土地使用权收回的补偿费用。根据《土地管理法》第五十八条的相关规定，满足特定条件，收回土地使用权的应当给予适当补偿。但在办案实践中，所谓的“适当”很难界定，各地相差悬殊，需要律师在办案过程中，根据具体案件的不同情况，制定解决方案。
3、关于划拨取得土地使用权的，是否给予补偿问题，理论界意见不一，应当给予补偿，并且给予的补偿不应少于出让的土地。
没有承租的企业如果进行拆迁，需要对企业拆迁进行相应的补偿，除了正常的拆迁补偿之外，还需要对其他的方面进行补偿，包括土地所有权回收的补偿，厂房还有其他不动产的补偿等。
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