一、集体土地征收主体是谁?
市、县人民政府及土地管理部门是代表国家负责具体征收与补偿的法定主体，现行集体土地征收制度的本质是国家基于公共利益需要实施征收，并由国家依法给予公平合理补偿的制度。
《中华人民共和国土地管理法》《中华人民共和国土地管理法实施条例》以及《征收土地公告办法》等，虽未明确规定市、县人民政府在取得国务院或者省级人民政府征地批复后，应当依法以自己名义作出征收决定，并在无法就补偿安置达成协议时，另行以自己名义依法作出补偿决定;但前述法律规范规定的不明确，并不能成为市、县人民政府规避履行集体土地征收补偿安置义务的理由。职权之所在，即义务之所在，也即责任之所在。市、县人民政府代表国家组织实施征收被征收人合法房屋，也有确保被征收人通过签订协议或者以补偿决定等方式取得公平合理补偿的义务。
农村集体土地征收补偿形式虽然多样，参与主体虽然多元，但如果补偿安置问题无法通过协商或签订协议方式解决，且无法定主体作出补偿决定，又无生效裁判对补偿安置问题进行过裁判，则合法房屋的被征收人可以依法请求市、县人民政府或其指定的土地管理部门依法履行补偿安置职责，要求依法作出包含补偿安置内容的补偿安置等决定。依法发布《征收土地方案公告》的市、县人民政府，不能以未实施强制拆除行为为由，而否定其应依法进行补偿安置的义务;即使认为被征收人补偿安置诉求“要价过高”，依法无法满足，亦应在合理期限内及时作出书面的补偿决定，并依法告知救济途径;而不能怠于履行补偿安置职责，或者以反复协商代替书面决定，甚至以拖待变造成安置问题长期无法通过法治化渠道解决，造成既损害被征收人补偿安置权益，又提高补偿安置成本。人民法院亦不能以市、县人民政府或其指定的土地管理部门并非补偿安置义务主体甚至并非征收主体为由而裁定不予立案。
二、关于未取得房屋所有权证但长期实际使用房屋的权利人的权利保护
虽然未取得房屋所有权证，但长期实际使用房屋的权利人是适格的被征收人和补偿安置对象，应得到相应的征收补偿，具有提起要求市、县人民政府履行补偿安置职责之诉的原告主体资格。
在双方既不能通过协商或签订协议方式解决，且无法定主体作出补偿决定，又无生效裁判对补偿安置问题进行过裁判的前提下，通过请求市、县人民政府及其指定的土地管理部门履行补偿安置职责的方式，由市、县人民政府及其指定的土地管理部门承担土地征收补偿的法定义务，既有利于明确农村集体土地征收中有且仅有政府才是补偿义务主体，还有利于强化市、县人民政府及其指定的土地管理部门对乡镇人民政府、区(县)征地事务机构配合和具体实施补偿安置工作的监督职责。
综上所述，在农村里面土地的所有权虽然归属于集体，但是集体的土地被征收的主体依然是国家，只是国家，它会基于公共利益的需要由市一级或者县一级的政府或者土地部门带国家进行征收，不过在征收土地之后，会根据实际的评估情况以及具体价值给予补偿。
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