依照《国家赔偿法》第九条到第十六条规定，申请国家赔偿的需要履行以下程序：
赔偿请求人要求赔偿，应当先向赔偿义务机关提出，也可以在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出。
想要申请国家赔偿需要提交一份书写的国家赔偿申请书，如果申请人不会写的，可以委托别人代写，也可以口述由行政机关记录。申请书中需要写清楚的内容有：受害人的姓名、性别、年龄、工作单位和住址，具体要求的内容、事实根据和理由，以及申请的年、月、日。
(3)等待行政机关作出赔偿决定。
赔偿义务机关应当自收到申请之日起两个月内，作出是否赔偿的决定。如果决定对被征收人予以赔偿的，则会在十日后将赔偿决定书送达被征收人;如果决定不予赔偿法，则要书面通知被征收人并说明理由。
(4)向人民法院提起诉讼。
如果行政机关作出不予赔偿决定，被征收人认为不服的，可以在该机关作出不予赔偿决定后的三个月内继续向人民法院提起诉讼;如果行政机关逾期不予作出决定的，也可以在规定的决定期限届满后继续向人民法院起诉;如果被征收人对赔偿决定的项目、金额、方式不同意的，也可以在三个月向法院起诉。
1.两者发生的基础不同。国家赔偿由国家机关及其工作人员的违法行为引起，以违法为前提;国家补偿由国家的合法行为引起，不以违法为前提。
2.两者性质不同。国家补偿的根本属性在于国家对特定受害的公民法人或者其他组织损失的填补，旨在求得因公共利益而遭受特别损失的公民、法人或者其他组织提供补救，以体现其与普通公众间的利益平衡，并不意味着任何对国家的非难。
3.时间要求不同。国家赔偿责任的前提条件是损害的实际发生，即先有损害，后有赔偿;而国家补偿即可以在损害发生之前进行，也可以在损害发生之后进行。
4.两者承担责任的方式不同。国家赔偿责任以金钱赔偿为原则，以恢复原状，返还财产等方式为辅;国家补偿责任多为支付一定数额的金钱。
在征收中只有国家机关征收土地或者是房屋等时才会出现国家赔偿，即征收的目的维护社会公共利益或者是国家利益，为了修建水利基础设施、交通运输设施等，如果是出于营利目的进行的商业性征收的，就应当由组织征收的企按照赔偿标准进行征收补偿。
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