(一)税收债权难以厘清。税收债权可分为：破产主税收债权，即破产企业符合税收构成要件所发生的税收本金;破产从税收债权，即因破产主债权附带产生的税收债权，如企业欠税产生的滞纳会、罚款等。因此，企业欠税和滞纳金构成税务债权。在申报破产企业税收债权过程中，两例破产案件的共同特点是欠税底数难以厘清。
一是破产企业大多处于持续关停状态，导致欠税时间跨度长;
二是企业管理比较混乱，账实不清，特别是土地房产产权复杂，导致欠税核查难度大;
三是是土地原始价值取证难，导致并入房产原值难以计征房产税。
(二)税收债权难以确认。即使税务机关通过艰苦细致的计算、审核向人民法院提出了债权申报数额，但是法院的最终债权确认存在着诸多不确定因素。人民法院在维护社会和谐稳定的任务日益繁重的背景下，通过对符合再生条件的债务人企业充分运用破产和解及重整程序，以实现企业再生，就显得尤为重要。如果把破产企业在破产案件受理前欠缴税款以及滞纳金作为税收债权的组成部分予以优先受偿，就会使得许多普通债权得不到实现，破产人所背负的其他普通债权的清偿率大大降低了。既无法取得良好的法律效果，更会造成不好的社会效果，影响社会和谐稳定。对于税务机关申报的税务债权，往往只得到了部分确认。
(三)税务主张难以彰显。税务机关与破产企业之间的税收法律关系，不同于企业与企业之间民事意义上的债权债务关系，也不是简单的行政关系或债务关系。由于破产企业所欠的税款属国家所有，更重要的是税务机关的身份是执法者，非普通的债权人，而是两者兼具;
应当注意的是，在有的案件中，不是法院而是管理人，函告税务债权申报，或者插手税款和滞纳金的计算。根据《破产法》第二十二条、二十三条，管理人由人民法院指定，管理人依照本法规定执行职务，向人民法院报告工作，并接受债权人会议和债权人委员会的监督。管理人仅仅是“管理人”，而不是“人民法院”，忽视了税务机关既是清算领导小组成员单位，又是税务债权人的双重地位。
(四)涉税公益债务不明确。最高人民法院《关于审理企业破产案件若干问题的规定》第61条规定：“下列债权不属于破产债权：人民法院受理破产案件后债务人未支付应付款项的滞纳金，包括债务人未执行生效法律文书应当加倍支付的迟延利息和劳动保险金的滞纳金等;上述不属于破产债权的权利，人民法院或者清算组也应当对当事人的申报进行登记。”
因此，人民法院受理破产案件后欠缴税款产生的滞纳金应当属于本条规定的人民法院受理破产案件后债务人未支付应付款项的滞纳金的范畴，人民法院对此滞纳金应当按照本条的规定处理，对当事人的申报进行登记，但不应列入破产债权。但是企业破产后有出租房产产生的税收滞纳金并没有明确，应按《破产法》第42条第4款，“为债务人继续营业而应支付的劳动报酬和社会保险费用以及由此产生的其他债务”，属于公益债务。根据《企业破产法》第四十三条的规定：破产费用和共益债务由债务人财产随时清偿。不应比照“破产案件受理后则不宜再计算税收滞纳金”执行。
二、违法税收是否有诉讼时效
根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十九条第一款的规定,违法行为在二年内未被发现的,不再给予行政处罚。
目前我国税务行政处罚追究时效存在的问题
1、法律规定不严密。《税收征管法》第八十六条规定：违反税收法律、行政法规应当给予行政处罚的行为，在五年内未被发现的，不再给予行政处罚。这一规定明确了违反国家税收法律、行政法规的涉税违法行为的追究时效。
2、追究时限未分类。针对税务行政处罚的特殊性，新征管法突破了行政处罚法处罚时效的规定，这确实具有历史性的意义。但从另一方面来看，这一规定有矫枉过正之嫌。一是违背了行政处罚的公正原则。行政处罚法规定：设定和实施行政处罚必须以事实为依据，与违法行为的事实、性质、情节以及社会危害程度相当。
3、时效起点难计算。行政处罚追究时效起点的准确界定是保障行政处罚合法性的一个重要标尺。《税收征管法》对税务处罚的追究时效未作规定，那么行政处罚法的规定显然适用于税务行政出罚。行政处罚法规定，追究时效通常从违法行为发生之日起计算;违法行为有连续或者延续状态的，从行为终了之日起计算。实践中上述条款如何理解争议很大。如在稽查案件中“违法行为发生之日”究竟是指违法行为作出之日、检查开始之日、还是审理之日、还是行政处罚事项告知书送达之日，各地执行不一。“连续状态”、“延续状态”如何区分，时间间隔如何把握，执法实践中往往令人困惑不已。
《税收征管法》第八十六条规定“违反税收法律、行政法规应当给予行政处罚的行为，在五年内未被发现的，不再给予行政处罚。”，其中“发现”如何理解、如何执行也是困惑执法人员的执法难点。
违法税收是有诉讼时效的，一般如果在两年以内没有发现违法税收行为的话，那么是不会对其进行行政处罚的。当事人需要在发现违法税收行为的两年之内提出行政复议，如果进行了行政复议对于结果不满意的话，那么可以进行起诉。
延伸阅读：
税收行政复议生效时间是多久？
我们都知道生活中，交税是我们每一个公民必...
租售同权税收都有哪些？
1、增值税，《营业税改征增值税试点实施办...
税收行政复议案件范围有哪些
税收对于一个国家来说具有重要的作用，他不...
房屋租赁房产税的基本税收规定
房产税的基本税收规定：房产税的征收对象以...
税收行政复议决定有几种方式？
受行政复议有很多种决定的方式，但是有很多...
税收违法违纪行为处分规定的内容...
有下列行为之一的，对有关责任人员，给予记...
