当行政合同的当事人不愿意协商或者协商不成的，当事人可以根据仲裁协议向仲裁机构申请行政仲裁，并可根据生效的仲裁裁决申请强制执行。行政仲裁具有自主性、专业性、保密性管辖的确定性，而且费用低，速度快，有助于及时有效的解决行政合同纠纷。
《中华人民共和国仲裁法》第二条 平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。
第三条 下列纠纷不能仲裁：
(一)婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷;
《中华人民共和国仲裁法》第四条 当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
第五条 当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。
第六条 仲裁委员会应当由当事人协议选定。
仲裁不实行级别管辖和地域管辖。
第七条 仲裁应当根据事实，符合法律规定，公平合理地解决纠纷。
第八条 仲裁依法独立进行，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。
第九条 仲裁实行一裁终局的制度。裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。
裁决被人民法院依法裁定撤销或者不予执行的，当事人就该纠纷可以根据双方重新达成的仲裁协议申请仲裁，也可以向人民法院起诉。
二、行政合同的特征有哪些？
1、行政合同的当事人必有一方是行政主体，享有行政权力。行政合同是行政主体为了实现行政管理目标而签订的，因此，当事人中必有一方主体是行政主体。没有行政主体的参加，不能称为行政合同。行政合同必须有行政机关参加并不意味着凡有行政机关的合同都是行政合同。行政机关具有双重身份：行政主体和民事主体。当行政机关以民事主体身份签订的合同，如与家具厂签订的购买办公设备合同，该合同是民事合同;只有当行政机关以行政主体身份签订合同时，该合同才是行政合同。
2、行政合同的目的是实施行政管理。行政主体签订行政合同的目的是实现行政管理职能，维护公共利益，而不是为了自身的经济利益。如为了修建道路、桥梁、机场等公共设施，行政主体与企业签订的共同投资建设合同等。
3、行政主体对于行政合同的履行享有行政优益权。与民事合同主体签订合同是为了自身利益不同，行政主体签订行政合同是实现行政管理目标，维护公共利益。因此，行政主体对行政合同的履行享有民事合同主体不享有的行政优益权。具体体现为对合同履行的监督权、指挥权、单方变更权和解除权。当然，行政主体只有在合同订立后出现了由于公共利益的需要或法律政策的重大调整，必须变更或解除时，才能行使单方变更、解除权。由此造成相对人合法权益损害的，要予以补偿。
4、行政合同双方当事人因为履行行政合同发生争议，受行政法调整，根据行政法的相关原则，通过行政救济方式解决。
综合上面所说的，行政协议在当事人处理不好的情况之下，那么是可以利用仲裁的方式来进行解决，但前提一定要有合法的证明材料，而且还需要在规定时间之内处理，这样才能获得仲裁部门认可，所以，在办理之前多咨询一下，这样才不会浪费自己的时间。
延伸阅读：
行政诉讼不受理怎么办？
行政法规由谁制定
