反向重复序列指两个序列相同的拷贝在DNA链上呈反向排列， 是DNA重复序列的一种类型。反向重复序列散布在整个基因组中，约占人类基因组中占5%,常见于基因的调控区，可能与基因的转录、复制有关。反向重复序列的一种形式是反向排列的两个拷贝间隔着一段序列，另一种 形式是两个拷贝之间没有间隔序列，呈反向串联，这种结构又称回文式序列。
反向重复序列 (inverted repeat sequence)：
如图一GTGCTAA和TTAGCAC构成反向重复序列。在双链DNA中反向重复可能引起十字形结构的形成。（图一上面的序列为反向重复序列，同时，注意到它两条链顺读是一样的，且中间没有间隔序列，因此它是回文序列；图一下面的序列为镜像重复序列。详情参见下文辨析。）
回文结构（palindromic structure）：
在真核细胞染色质DNA分子中，还存在大量特殊的序列，这种结构中脱氧核苷酸的排列在DNA两条链中顺读与倒读其意义是一样的，脱氧核苷酸的排列
对于一个假象的轴成180°旋转对称，这种结构称为回文结构。
几种重复序列辨析（ 非正式名词解释）：
| 反向重复序列(Inverted repeat sequence) | 5'AAAANNNNTTTT3'3'TTTTNNNNAAAA5' | 两条链中以5'->3'方向读出来是一样的，两条链旋转对称。 |
| 回文序列(Palindromic sequence) | 5'AAAATTTT3'3'TTTTAAAA5' | 当反向重复序列中没有“NNNN”时就称为回文序列，两条链旋转对称。 |
| 正向重读序列(Direct repeats sequence) | 5'ATCGNNNNATCG3'3'TAGCNNNNTAGC5' | 在同一条序列中有重复(NNNN的前后序列都是AAAA)，中间的NNNN可有可无。 |
| 镜像重复序列(Mirror repeats) | 5'ATCGNNNNGCTA3'3'TAGCNNNNCGAT5' | 两条链都呈轴对称。 |
