阴囊会引发性功能障碍，虽然原发性阴囊疾病极少引起或不育，但它们仍能影响性功能。先天性异常、感染创伤或肿物，均可通过影响其性自认的形成和自我观感而对病人的起到破坏作用，有些功能性性障碍还是继发于这些问题的;性活动的抑制也可继发于疼痛或不适;上述问题尚可引起患者的种种不安。
阴囊的主要功能有二：
一是为睾丸提供一个适于生成的最佳环境；
二是保护睾丸以防受伤。
当存在某些疾患时，例如睾丸先天异常，双侧或单侧睾丸缺失、多睾症，睾丸扭转，隐睾症、疝气、睾丸鞘膜积液或精索静脉曲张，阴囊便无法适当地完成上述功能。有些阴囊异常影响生育和性功能，而有些则无影响。例如有10%的男子患精索静脉曲张，其中有半数的生育力受到影响。睾丸扭转会导致睾丸内分泌和精子生成功能的丧失。
初步观察表明，一侧睾丸的损伤还会影响对侧睾丸的功能，例如通过免疫机制降低整体的生育率。阴囊的种种疾患还可能影响患者的性功能。虽然鞘膜积液或疝气并不直接影响性功能和生育力，但矫正手术可以引起输精管和邻近结构的不经心的损伤。由于这一原因，对于前来咨询的每个不育病人，必须询问以前是否接受过腹股沟部位的外科手术。阴囊和睾丸在性别自认的形成过程中，起着十分重要的作用，但它们的确切功能却尚未阐明。从心理分析的观点看，其结论是婴儿和儿童把阴囊和睾丸看作是与阴茎不相干的器官，有人认为睾丸不可控制的缩回是阉割焦虑的基础，害怕它的消失。
他们也感到，男孩要达到排便的训练习惯比女孩要晚，男孩总害怕在排便时把睾丸掉了，这是继发于睾丸回缩时暂时看不到睾丸的现象。也有的人在详细询问隐睾症病人的历史后认为在孩子的眼光里，睾丸并非与阴茎不相干的，它们是三位一体的。因为隐睾症患者中，并未发现多少人具有性别角色行为和性别自认的异常，但他们开始手淫和其他性活动的年龄比正常人略迟，频率也较低。许多报告介绍了这些患者具有不同程度原发性睾丸性性腺功能低下和不育。以男性性行为来说，阴囊是十分重要的。阴囊的任何疾患可以唤起长期的明显畏惧和关心，包括内疚，有关 过度 和 稀奇古怪 的性实践或活动。当阴囊存在病理状况是个实际问题时，病人或配偶却主诉原因不明的性活动减少。因此，当病人主诉性问题时，不要忘记排除一下存在阴囊疾病的可能性。
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