财务风险的处理主要是在衡量和分析财务风险的基础上针对不同的情况采取相应的措施，及时有效的阻止或抑制风险事态的发展，减少损失程度。
1.规避风险。
包括宏观规避和微观规避。
(1)财务风险的宏观规避。
第一，加强风险教育，树立医院领导者的风险防范意识，从根本上杜绝财务风险，保障广大职工的合法权益;第二，加大资本运营力度，实施医院间的联合、兼并、重组。医院联合不仅能够扩大经营规模，提高市场份额，实现优势互补，有效地防范经营风险，提升医院形象，抵御融资风险;第三、拓宽医院融资渠道，及时披露医院财务信息和重大事项，为领导决策提供依据。
(2)财务风险的微观规避。
第一，保持资产的流动性。医院资金流转总是周而复始地运行的，医院必须加速存货周转、降低库存量，以保持良好的资产流动性。
第二，保证医疗收入的稳步增长，不断降低医疗成本，以求医院价值最大化，降低经营风险。第三，不断开拓医疗市场，提高医疗质量，提高病人满意度，提升医院形象。第四，选择最佳资本结构。在选择时应根据医院发展的不同时期，充分考虑业务收入及其增长、财务杠杆、医疗市场、金融市场情况，选择综合资本成本最低的融资组合，如商业信用、银行贷款、利用外资、发行债券股票，使财务风险降到最低。
2.转移风险。
就是医院以某种方式将面临的风险转移给他方。如：以购买保险将风险转移到保险公司承担，购买了保险的医生出现医疗事故，保险公司负责赔偿;通过各种形式的经济联合将风险横向转移。当然风险的转移必须合法、合规、平等、公正的原则，决不能采用欺诈手段使其蒙受损失。
3.接受风险
就是将医院自身能够承受的风险以及医疗过程中不可避免的财务风险承受下来，并采取必要的措施加以控制，以减少风险程度或不利事项的发生。使财务活动朝有利于医院方面的方向发展。
面对日趋激烈的医疗市场，医院要生存并发展壮大，就要求财务管理部门敏感应对医院财务风险，作出及时诊断，减少财务风险的损失，确保医院持续、快速、健康的发展。
