我国企业集团将预算管理体系作为重要的内部控制系统和管理体系活动，发挥着重要的作用，并为企业创造了良好的经济效益。但随着近年来组织内外部环境的变化，某些传统预算管理体的弊端也日渐突显出来。主要体现在以下几个方面：
企业集团预算目标的确定没有与战略目标相适应，这使得企业集团的资源配置、战略规划和管理体系控制等活动无法与预算管理体系活动有机结合。在预算执行的过程中，内部各责任主体容易发生目标认识错位，易将企业集团的总体战略目标置换为本责任单元的目标，使得各责任主体无法认识自身的行为对企业集团总体战略目标的影响，从而导致一些短期行为，使得预算管理体系无法保证战略目标的实现。
企业集团内部的各责任主体均是利益相关者和预算执行过程的参与者。但在一些企业集团中，预算编制的工作主要是交给财务部门进行的，业务部门很少参与。在这种状况下，预算指标未能得到集团内各责任单元的认同，使得管理体系层与员工间因信息不对称而产生不利影响，员工的积极性无法得到充分调动，预算管理体系的价值也就大打折扣。
实行全面预算管理必须建立在完善的内部管理系统的基础上，而在企业集团内部的整个价值链上，多层次、多责任主体和对象要求更体现在内部协调和协作的基础上。然而在很多企业中，管理层与业务执行层之间缺乏必要的沟通和交流，使预算工作的进程和质量受到较大的影响。
四、企业集团未能建立起一套有效的考评和激励体系
实施全面预算管理必须建立公平公正的内部业绩评估和考核体系，有助于发挥绩效评价的战略导向功能。但由于很多企业集团内部没有制定出与预算执行结果相对应的考核体系和奖惩措施，使得员工对完成预算和获得奖惩之间的关系。长此以往，预算管理的激励职能也将无法实现。
由成本控制的含义可知，企业成本既包括产品生产阶段的成本，也包括企业整个生产经营过程的全部成本、费用支出。企业要加强成本管理，既要突出重点，搞好产品生产成本控制，又要照顾全面，做好企业生产经营各个阶段的成本控制工作。因此，在现代制造业的成本管控管理中，企业要实施全面预算确定企业的生产经营总成本，确立标准成本体系，做好事前计划、事中控制、事后反馈三者的统一。
