火龙果的主要病虫害为茎腐病、根腐病等。在病虫防治过程中，要严格贯彻营养为主、手工为辅的生态栽培方针，以农业和物理防治为基础，不使用化学防治技术。
如果火龙果的本质高，就抗病能力强；本质差，则容易感染虫害。要防治虫害，必须要以固本为根本，才能够有效的预防虫害的入侵，保证植株的正常生长。火龙果主要生长在南方。在火龙果的生长季节，气温高而且有濡湿风雨。这样很容易造成火龙果根叶和幼果因天气湿热而腐烂。这个阶段，全苗和外界条件（高温、潮湿、降雨）之间的矛盾表现突出。所以要注意排水与通风，以免影响苗根的腐烂。特别注意从出苗到现蕾前的一段时间为苗期，这个时期主要是扎根、长茎、生叶的阶段，是地上部生长与地下部生长的矛盾较为突出的时期，因为地上部的茎、叶和地下部的根系是相互依赖又相互对立的，如果茎、叶旺长，根系发育就不良，只有根系发育良好，火龙果才能很好地生长，不早衰，为后期果实的营养供应打下基础。为了即促进根系发育，控制茎、叶生长，采取适当控制水、肥加深中耕的措施，对此，可以减少土壤表层水分，保持土壤干燥，有利于根系保持干爽不容易被腐，根叶的完好是不招引各种虫蚁的前提。
最容易影响火龙果的成长的是因病虫害对根茎的噬咬而造成根茎果实的腐烂。对于已经腐烂了的虫口，需要用物理方法将伤口切开，以把病部隔绝。另外，喷施杀螺胺，四聚乙醇等把病虫杀灭。
对于蚜虫、金龟子以及蜗牛等，可以用金吡含70%吡虫啉、海利尔啶虫眯、一代好等农药来喷洒。而夜蛾经常在夜间集中成群扑食嫩芽细叶，致使顶芽灭亡而侧芽生发消耗主根养料。这时候，可以采用卡死克、闪透、阿迪达，乐斯本、氰戊菊酯等农药来喷洒以消除大量夜蛾。
另外，炭疽病菌侵害也容易导致茎部出现水渍般小斑点。这些病灶的旁边是黄晕。随着根部的长大，逐渐扩大为小如绿豆大如花生仁的圆形斑点。如果天气干旱，病斑就会停止生长，然后变成稍稍隆起的黄褐病斑。此时，可以用手指或小刀将其剥离。但是遇到潮湿天气，这种病斑就会扩大而导致茎部腐烂。而这些病菌也可以转化到果实上产生褐色的斑点，影响果实的外表，造成很大的经济损失。对于这种病菌，除了需要进行平衡施肥，增加各种微量元素之外，还必须要喷施百泰、翠贝、百菌、清睛菌唑、福美双、三环唑、代森锌等治疗剂和保护剂的搭配喷雾，7 d一个疗程，共3个疗程。对于病体株条，需要修剪出来，并集中销毁。
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