永嘉元年（307）七月，朝廷命镇守下邳（今江苏睢宁西北）的琅琊王司马睿移镇建邺（今江苏南京），又命王衍弟王澄为荆州都督，族弟五敦为扬州刺史。建兴四年（316）十一月，愍帝出降刘聪，西晋灭亡。建兴五年（317）三月，晋愍帝遇害的消息传到建邺，琅琊王的僚属纷纷上表劝司马睿即皇帝位。十日，司马睿于建邺即位称帝，这就是晋元帝。东晋王朝正式建立。建邺为了避愍帝司马邺的讳，改称建康。司马睿宣布大赦天下，改元大兴。文武百官都官升二级。东晋政权是西晋门阀士族统治的继续和发展。司马睿能在江南重建和中兴晋室，北方士族王导、王敦等琅琊王氏起了很大作用。王导（276～339）更是东晋政权的奠基人，当时被称为“江左管夷吾”。永嘉（307～313）之乱后，民族矛盾上升为社会主要矛盾，社会关系出现了新的变化。因此，在江左建立的东晋政权不仅是门阀专政的工具，同时也反映了汉民族利益的某些特征，所以“中州士女避乱江左者十六七。”
晋建兴四年，丞相、琅邪王司马睿听说长安失守，愍帝被俘，带领军队露宿在野外，亲自穿上铠甲，并向各地发送檄文，限定日期北伐。
因为漕运延期，就斩了督运令史淳于伯。行刑以后，刽子手在柱子上擦刀，血沿着柱子往上流，一直到二丈多高的柱子顶端才流下来，观看的人都认为淳于伯冤枉。
丞相司直刘陴进言说：“淳于伯罪不当死，请免除从事中郎周莛等人的官职。于是右将军王导等人上书归咎于已，请求免职。
司马睿说：“政令和刑罚失当，都是由于我的昏聩造成的。没有追究任何人的责任。
次年二月二十八日，平东将军宁哲到达建康，自称接到愍帝司马邺的诏书，让司马睿全面负责国家事务。
三月，司马睿换上白衣服，出宫避居，举哀三日。于是西阳王司马羕和官员、掾属等共同奉上皇帝尊号，司马睿不接受。
司马羕等人坚持请求，不肯罢休，司马睿感慨流泪，说：“我身为丞相，没有尽到辅佐的责任，是有罪之人。你们如果这样不停地逼我，我只好回琅邪封国去了。然后传呼私人奴仆，命令准备车驾，要返回封国。
司马羕等人就请求司马睿依照魏、晋旧例，称晋王。司马睿同意了。
初九，司马睿即晋王位，大赦天下，改年号为建武。设置百官，建立宗庙社稷。
晋太兴元年，三月初七，愍帝死讯传到健康，晋王穿上丧服，移居倚庐。百官请求奉上皇帝尊号，司马睿不同意。
纪瞻说：“晋朝嗣统中断，到现在都已两年了，陛下应当继承大业。遍观皇室子弟，还可以推让给谁陛下如果荣登皇位，那么祖先的神灵和全国百姓都能有所凭依。如果忤逆天命，违背人心，大势一去，就不会再回来了。
现在洛阳、长安两座京城都被焚烧浩劫，刘聪在西北自立尊号，而陛下却在东南为显示清高推让帝位，这就如同要您救火，你却作揖谦让啊。
司马睿还是不同意，让殿中将军韩绩撤去摆好的皇帝宝座。纪瞻呵斥韩绩说：“皇帝的座位与天上星辰相应，敢挪动的斩首！”司马睿为之动容。
奉朝请周嵩上书说：“古代的帝王，道义周全然后择取，谦让完备然后拥有，所以能长久地统治国家，光耀万世。现在愍帝的梓宫还不有归国，故都还没有恢复，义士泣血，士民子女惊惶不安。
应当广开言路，接受好的建议，训练士卒，整治兵器，先洗雪大耻，满足天下人的共同愿望，那代表天下的宝鼎还会落到什么地方呢！
周嵩说的违背了司马睿的心意，被贬出京城，担任新安太守。
后来又因为抱怨，被免除官职。
初十，司马睿即皇位，文武百官陪立两列。司马睿让王导登上御床同坐，王导坚决4拒绝，说：“如果太阳与天下万物等同，怎么能普照众生！”司马睿于是不再坚持。大赦天下，改年号为太兴。
