就像哲学最终从神学中脱离出来一样，科学也从哲学中分离出来。哲学的出现并不能彻底消除宗教信仰，同样，科学的昌盛并不能消灭哲学思辨。
哲学与科学类似，都具有开放性。开放性的特点可以表述为“怀疑一切”，它拒绝将任何理论视为封闭的、静止的、完善的体系，而是随时准备着修正，乃至重塑现有的认识成果。“每一次科学的‘完成’都意味着新的问题，科学请求被人超越，请求相形见绌。任何希望投身于科学的人，都必须面对这一事实。”
但哲学并不从事经验领域中的实验，其主要工作都是在思辨领域中展开的。形而上学一词是meta-physics，是“在物理学之后”的意思。后人在编辑亚里士多德（Aristotle，公元前384—公元前322）的著作时，将研究形而上学问题的讨论编辑在有关自然现象的研究著作之后，故此得名。
自然科学领域中的命题通常需要能够被证实或者证伪，否则就没有资格成为科学。但有一些形而上的哲学概念，比如康德的“物自体”，便既不能被证实，也不能被证伪，因为它存在于超验领域，不是人的理智所把握的对象。近代哲学受到科学的影响，也有一种强烈的反形而上学的势头，事实上，形而上学是哲学的骄傲，而不应是哲学的耻辱。自然科学通常以归纳法为基本方法，而经验归纳永远都是不完全归纳，科学的开放性就意味着它的可错性。故此，科学不能解决人的终极关怀的问题，这正是科学无法取代哲学和宗教的原因所在。
事实上，自然科学的理论常常有悖常识，比如牛顿力学中的匀速直线运动，在现实自然界中是很少见的，爱因斯坦的相对论和量子力学更是与人的常识相左。在这一点上，哲学同科学又有了共通之处。人文社会科学的探索没有必要照顾常识的面子，哲学也不例外。活在常识之中，丧失好奇心，是精神的一种沉睡或死亡状态，是科学研究的大敌，也是哲学研究的大敌。
亚里士多德认为哲学起源于“惊异”，或者“好奇心”，这种好奇心在儿童身上远比在成年人身上更为强烈，因为生活的常识和习惯扼杀了成年人的好奇心。爱默生在《论自立》中说“模仿就是自杀”。尼采（Friedrich Nietzsche，1844—1900）则说：“习惯使我们双手机巧，头脑笨拙。”在我看来，将人从常识的束缚中解放出来，超越想当然的生活态度，这既是哲学的功能，也是哲学的使命。
古希腊的第一个哲学家泰勒斯仰观天空，不小心掉进了坑，受到了一个色雷斯女人的嘲讽，说他能够看见天上的东西，却看不到脚下的东西。但黑格尔（Georg Wilhelm Friedrich Hegel，1770—1831）说，哲学家也同样可以嘲讽此等庸人，他们之所以不会掉到坑里，恰好因为他们本身就在坑里生活，没有能力抬头观看那更高远的事物。
