首先，两种推理的根据是各不相同的。也就是说，三段论推理是依据三段论公理，它的核心是三个概念外延之间的相互关系。假言推理则是依据假言判断的逻辑特性，它的核心是作为前提的假言判断前、后件之间的真假关系。
其次，各自的规则对推理的要求不同。一个有效的三段论必须同时遵守三段论的全部一般规则。也就是说，三段论推理的全部一般规则是一个三段论推理形式有效的充要条件。而假言推理的各条推理规则刻画了不同的推理形式，规定了有效式的结构，因此一个假言推理的有效式只是符合规则中陈述的某一种情况，不需要也不可能同时遵守全部规则。
最后，从语言现象的复杂性来看，具有同样内容的省略式推理，也可以看作具有不同的推理形式。例如：以“得了阑尾炎会感到腹痛”作为已知条件，可设计两种推理形式：
一是三段论推理“凡是得了阑尾炎的都会感到腹痛，某人得了阑尾炎，所以，某人感到腹痛”；
二是假言推理：“只要得了阑尾炎就会感到腹痛，某人得了阑尾炎，所以，某人感到腹痛”。
