无公害番茄不是转基因食品，无公害食品最主要的特性就是食用安全，转基因食品的食用安全性是不能被证明或者说还没有被证明，因此无公害番茄不是转基因食品。
所谓无公害食品，指的是无污染、无毒害、安全优质的食品，生产过程中允许限量使用限定的农药、化肥和合成激素。无公害食品标准主要包括无公害食品行业标准和农产品安全质量国家标准，二者同时颁布。无公害食品行业标准由农业部制定，是无公害农产品认证的主要依据;农产品安全质量国家标准由国家质量技术监督检验检疫总局制定。无公害食品是指产地环境、生产过程、产品质量符合国家有关标准和规范的要求，经认证合格获得认证证书并允许使用无公害农产品标志的优质农产品或初加工的食用农产品。
所谓转基因食品， 就是通过基因工程技术将一种或几种外源性基因转移到某种特定的生物体中，并使其有效地表达出相应的产物(多肽或蛋白质)，此过程叫转基因。以转基因生物为原料加工生产的食品就是转基因食品。转基因食品转基因作为一种新兴的生物技术手段，它的不成熟和不确定性，不能证明转基因食品可以放心安全食用。国际社会上，截至2010年，美国的小麦主粮的商业化尚未推开，日本禁止进口美国转基因大米，印度停止转基因茄子商业化。
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