铁皮石斛在生长的过程中，经常会受到病虫侵害，因此，正确而又及时的防治可以减少病虫对作物的侵害。铁皮石斛主要有以下几种病害：根腐病、黑斑病和炭疽病等，针对不同的病害，采取不同的防治措施。
如根腐病，其主要发生在多雨的季节，首先导致其根部腐烂，然后，慢慢地致使上部枯萎；其相应的防治方法：在作物种植前，将物种用25%多菌灵100倍可湿性粉剂浸泡适当的时间。
黑斑病主要流行于低温多雨时节的状态下，其主要危害在于作物的叶和叶柄，从而可使叶片枯萎；其相应的防治方法：采用51%多菌灵1 000倍液对铁皮石斛进行喷施，一般情况下，喷施1～2次基本上能防治。
炭疽病主要危害在于叶片以及肉质茎，叶片初发病时，呈黑色，后期慢慢使整片叶枯焦和脱落，最后导致作物死亡；其相应的防治方法：初期病害时，可采用剪枝的方式将其去掉，也可以采用1∶1∶200倍波尔多液对作物进行喷雾防治。
