石斛每年春末萌芽前采收，采收时剪下三年生以上的茎枝，留下嫩茎让其继续生长。
石斛发芽到萌根至根伸长前所需营养物质完全靠上年生长老茎条供给。芽的肥瘦取决于老茎条是否饱满，老茎条饱满较粗壮所发之芽较肥，生长较快，反之则瘦，生长缓慢。在采收石斛时，不能从基部割下，只能保留一部分较肥胖的茎节使来年新发芽时有充足的养分、水分供给，保证多年稳产高产、高质量。所采收的石斛，放在阴凉干燥的地方。一次采收后除去叶片出售。在采收时应注意有露水时或下雨时不能采收，晴天以中午12点后采收为好。采收时使用较快的剪刀，从距采收节间三分之一处，向下45°角快速采下。
