卵巢囊肿疼不一定是恶性的。卵巢囊肿通常不会引起疼痛，除非卵巢囊肿扭转、破裂、感染等才会出现疼痛，在扭转的囊肿中良性居多，说明囊肿光滑，活动尚可，这些一般是良性肿瘤的特点。破裂的囊肿也有良恶性之分，因为囊肿有自发性破裂和外伤性破裂。自发性破裂常因肿瘤浸润性生长穿破囊壁所致，这部分囊肿可能恶性多些，对外伤性破裂所致均有可能。由此看来不能通过卵巢囊肿的疼痛来区分良恶性肿瘤。
卵巢囊肿大多数情况下是良性的，但是卵巢囊肿也是有癌变可能的，所以卵巢囊肿的病人一定要定期复查，对于持续存在卵巢囊肿患者建议手术治疗。如果囊肿直径大于10cm，可能发生癌变的机会还是偏高的，所以建议尽快手术治疗。
如果卵巢囊肿检查肿瘤指标CA125、CA199、CEA、AFP值升高，卵巢囊肿的癌变可能也比较高，建议患者尽快手术治疗，或者查囊肿的检查时，放射线、CT等提示有癌变的可能，也建议患者尽快手术治疗。
