对朱元璋研究得比较仔细
1964年5月，毛泽东在一次谈话中说：“《明史》我看了最生气。明朝除了明太祖(朱元璋)、明成祖(朱棣)不识字的两个皇帝搞得比较好，明武宗、明英宗还稍好些以外，其余的都不好，尽做坏事。”
朱元璋以一个落魄和尚的出身，十五载而成帝业，是继刘邦之后又一个出身卑微、起自草莽的平民皇帝。毛泽东对这种现象深有感触，他通过对比，得出了不要小看“大老粗”、“老粗出人物”的结论。朱元璋大字不识一个，却善于从战争中学习，多谋而又善断。毛泽东对朱元璋卓越的军事才能给予过很高的评价，曾说“自古能军无出李世民之右者，其次则朱元璋耳”。
1948年11月，明史专家吴晗辗转来到河北省平山县西柏坡，将他在当年8月份写完准备再版的《朱元璋传》的修改稿送请毛泽东阅正。正在指挥解放战争的毛泽东挤出时间仔细阅读了书稿，还约请吴晗深谈了两次。隔了几天，毛泽东在退还《朱元璋传》原稿时，还特地给吴晗写了信。信中对吴晗苦心为朱元璋立传称道有加，但又指出吴晗“似尚未完全接受历史唯物主义作为观察历史的方法论”。毛泽东和吴晗在对朱元璋的评价问题上存在一定差异。在毛泽东眼中，唯物史观亦可称做“奴隶史观”，认为是底层人民在创造历史，历史上的农民起义都程度不同地推动了历史的进步。朱元璋作为农民起义的首领，亦当做如是观。而吴晗的《朱元璋传》却以朱元璋影射蒋介石，显然没有贯彻唯物史观的阶级观点。
新中国成立后，吴晗根据毛泽东的意见，从1954年开始用了整整一年的时间重新写了《朱元璋传》，并再次呈送毛泽东以博指教。毛泽东对吴晗的修改表示满意。
称朱棣“搞得比较好”
朱元璋死后，燕王朱棣发动靖难之役，于建文四年(1402年)攻破南京，即位没几天的建文帝朱允炆焚死，朱棣夺取了帝位。
毛泽东在读清人谷应泰所撰《明史纪事本末》时，仔细揣摩了朱棣造反夺取皇位的过程，并多有评论。朱棣在与南京对峙的过程中出生入死，打过许多漂亮的胜仗，特别是建文二年(1400年)的白沟河战役(战场在今河北雄县)，朱棣将李景隆等率领的勤王之师打得大败。但在随后的东昌战役中，朱棣骄傲轻敌，结果被盛庸等击败，被擒斩万余人。当时朱棣身处重围，奋力死战才得以逃脱。毛泽东在对比了两次战役之后评论道：“白沟河大胜之后，宜有此败。”这就是说，朱棣被胜利冲昏了头脑，注定会有闪失。毛泽东曾多次告诫军事将领不要“犯大胜之后骄傲的错误”，想必是从中得到过启发。
朱棣后来重整旗鼓，千里奔袭，竟然兵临南京城下。建文帝多次派人前往朱棣大营，许以割地求和。但朱棣不为所动，口口声声要捉拿“奸臣”，显出咄咄逼人的架势。毛泽东读至此写道：“始终以索战犯为词，使南京无法答允。”言下之意，朱棣是有意将矛盾尖锐化，以遂其夺取天下之志。
朱棣登上皇位后不久迁都北京，并屡次北征。在其治下，幅员之广超越汉唐，受朝命而入贡者几达三十国，可谓武功赫赫，威震殊俗。特别是他迁都北京更是明智之举，奠定了明朝近300年的基业，其雄武之略不减其父，所以毛泽东称赞朱元璋、朱棣父子在位“搞得比较好”，同属于有作为的皇帝。
对嘉靖皇帝很不以为然
除了朱元璋父子，毛泽东提到较多的另一个明朝皇帝是嘉靖皇帝朱厚熜。明朝由盛到衰，嘉靖当政是重大的转折点。但人们谈到明朝的历史，大都以为万历皇帝对明朝走向灭亡负有重大责任，认为明朝“实亡于万历”。
其实不然，《明史》在评价嘉靖皇帝时写道：“若其时纷纭多故，将疲于边，贼讧于内，而崇尚道教，享祀弗经，营建繁兴，府藏告匮，百余年富庶治平之业，因以渐替。”所以明朝真正走下坡路，是从嘉靖开始的。
毛泽东对嘉靖皇帝很不以为然，说他“炼丹修道，昏庸老朽，坐了四十几年天下，就是不办事”，这个评价恰如其分。嘉靖初登大位时曾大刀阔斧地革弊图新，裁汰特务机关，广行宽恤之政，颇有明君气象，但不久便玩弄权术，耽于享乐。他倚重严嵩等奸臣残害忠良，经常廷杖大臣，又特别崇信道教，醉心于斋醮、方术、祥瑞等无聊之事。
鉴此，御史杨爵沉痛进谏，期望嘉靖“念祖宗创业之艰难，思今日守成之不易，览臣所奏，赐之施行”。可是嘉靖皇帝非但不听，还将杨爵下狱论罪。毛泽东在读《明史·杨爵传》时旁批了四个字：“靡不有初。”下笔似有无限感慨。“靡不有初，鲜克有终”，这句话见诸《诗经》，意思是说人们大都有一个良好的开端，但很少有人能够善始善终。
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