1935年9月12日，红四方面军入川后，同当地党组织，群众地方武装汇合建立了川陕根据地，红四方面军扩大成五个军约十万人，在徐向前指挥下，粉碎了四川军阀刘湘二十万敌军的六路“围剿”。张国焘被这场激烈的战斗吓破了胆，一九三五年一月四日，致电中央，竭力夸大川陕根据地四周敌人的力量，为放弃川陕制造借口。中央为了实现红一方面军从泸州渡江同红四方面军会合的意图，指示红四方面军配合行动，以主力向西南方向发展。张国焘违背中央命令，反而北进发动陕南战役，致使沿川贵边布防，封锁长江。在这种情况下，张国焘借口配合中央红军北上，擅自放弃川陕根据地，向川西逃跑。
5月18日，张国焘在茂县擅自成立“中共西北特区委员会”和“西北苏维埃联邦政府”，并自封主席。
中央军委多次指示张国焘北上，而他却一再反对中央北上抗日的正确战略方针，坚持退却到川康。为了解决战略方针，中央召开了两河口会议，决定：“集中主力向北进攻”，张国焘致电中央，重新抛出他的退却方针，张还策动他的亲信以“川康省委”的名义，要求改组中央军委和红军总司令部，提出让张国焘出任“军委主席”。党中央拒绝了这一无理要求；考虑到大敌当前，利于团结，任命张国焘为红军总政委。由于张国焘的阻挠，使红军在懋功和毛儿盖地区，停留一个半月。致使胡宗南得以重兵控制经松潘北去的交通要道，红军陷于被动地位。
8月4日，党中央召开了政治局会议，讨论当前形势与任务。会上对张国焘进行了严肃的批评教育，通过了《中央关于一、四方面军会合后的政治形势与任务的决议》。针对张国焘军阀主义，会议强调了党在红军中的绝对领导作用，经过耐心说服教育和严肃的斗争，张国焘表面上接受了党中央关于北上抗日的方针。部队到达阿坝地区后，张国焘反党野心大暴露，借口葛曲河涨水，按兵不动。自恃其控制的武装力量，拒不服从中央关于北上的命令，顽固地坚持其退却路线，竟把左路军全部拉回天全、芦山等地区。
9月12日，中共中央政治局召开扩大会议。毛泽东在会上作了《关于同张国焘的争论及今后战略方针》的报告。会议一致同意中央已经采取的措施和今后继续北进，以游击战争打通国际联系，在临近苏联边界的地区创造根据地，以便获得援助，尔后向东发展的战略方针。会议通过《张国焘同志错误的决定》。指出：张国焘反对中央北上的战略方针，坚持向川康藏边境退却的方针是错误的，张国焘为了贯彻自己的错误方针，采取了分裂红军的罪恶行为更是不能允许的。
鉴于张国焘另立中央的反党罪行，1936年1月22日，中央政治局命令张国焘立即取消伪中央，放弃反党立场，停止一切反党活动，并决定在党内公布会议的决定。
张国焘分裂党、分裂红军的行为，遭到朱德、刘伯承等人的坚决反对。张国焘围攻朱德，威逼他发表反对毛泽东和北上抗日的宣言，朱德严词拒绝，坚持全党只有以毛泽东领导的一个党中央。在极端困难的环境里，维护党中央和毛泽东的统一领导。
后来，张国焘公开表示怀疑共产党，对革命前途绝望，公然投到国民党特务集团，1938年4月18日，党中央决定将张国焘开除出党，这一处分，获得了全党的拥护。
