在1990年代后期一直到他去世的十年时间里，费孝通把重点放在学科基础理论的“补课”上，撰写重读派克、史禄国、马林诺夫斯基等人的长篇读书报告，提出社会学应该拓展界限，将对现实问题的关怀拓展到与历史和文化接轨的领域，进入到对人的精神世界的研究。
中国社会学重建的契机，得益于邓小平在《坚持四项基本原则》的报告中所提出的社会科学需要补课的问题。原文指出，“实现四个现代化是一项多方面的复杂繁重的任务，思想理论工作者的任务当然不能限于讨论它的一些基本原则……列宁号召多谈些经济，少谈些政治。我想，对于这两方面理论工作的比例来说，这句话今天仍然适用。不过我不认为政治方面已经没有问题需要研究，政治学、法学、社会学以及世界政治的研究，我们过去多年忽视了，现在也需要赶快补课”。邓小平的讲话站在一个全局和实用的角度，向知识分子提出了为新形势下的国家建设和社会发展提供智力支持的期待。
这个讲话重新燃起了知识界的热情。受命重建社会学学科的费孝通，一开始便结合自己长期的实地研究经验来理解这一讲话的内涵和方向。“补课”一词成为费孝通此后学术思想中始终坚持的核心问题；也由此被他带进了重建后的社会学的学科气质之中。
“本土视角”要将地方经济体放入世界经济格局中考量
费孝通在《为社会学再说几句话》一文中谈到，帮助党和国家解决一些急迫的社会问题，为社会主义建设减少一些前进中的障碍，使社会的各方面都能沿着社会主义道路顺利发展，是这个时候急切需要开展社会学研究的任务。应该说，学科重建的前十年，费孝通对社会学的学科定位和推动始终离不开邓小平讲话的这个起点——以“经济”为主要的对话对象。
在学科重建初期，随着机构、课程和人员等具体事务一一开展，费孝通思考更多的是如何回到社会生活的实际，对地方社会的发展程度和发展特点进行摸底。其中，他对江苏和浙江的经济社会结构类型的比较研究最感兴趣，先后提出苏南模式、温州模式、珠江模式等一系列命题。值得注意的是，国际学界也对开放中的中国投以关注的目光，一俟田野条件允许便纷纷来华，以至于从1990年代开始出现中国东南研究的高潮。
与当时国际学界主流的而且也是习惯性的国家与地方的二分法框架不同，费孝通的“本土视角”始终将地方经济体放在一个世界经济格局中考量。各地的历史条件不一样，地方经济体的性质也不同。例如苏南模式（可以上溯到费孝通的江村研究）与明代以来江南地区的市镇发达有关，其经济体系和社会体系是嵌合在一起的。江村的例子说明，1930年代地方经济危机产生的一个重要原因是，新兴的日本向美国大量输出蚕丝，这种国际市场的竞争使得当时江苏的生丝出口从占世界市场的大宗大幅度跌落，导致大量手工业破产。而由于经济与社会的嵌合关系，经济对社会的反哺断裂，因而直接冲击了地方社会结构。比如民间自发组织的借贷的互助会是以亲戚关系为核心，在丝业不景气的情况下资金链断裂就必然导致亲属关系的冲突和摩擦。到了苏南模式，乡镇工业的发展依旧依托的是这种亲属关系网络；而它在1990年代之后应对所谓“亚洲四小龙”在世界市场上的竞争，其实构成了它最大的风险来源。而珠江模式则不同，它一开始就是国际代工工厂的终端，企业最大的利润并不直接反哺当地社会，再加上大量外来务工人员逐渐形成新的社区，与当地社会产生各种冲突也就在所难免。
通过比较不同类型的地方经济社会结构，费孝通看到，国家对不同类型地方经济的扶持和发展，构成了地方治理非常重要的层面，甚至有的就是问题所在。他早在1940年代就讨论过，乡土工业的发展需要一个能在世界经济体系中承担风险的国家作为保障。
在乡土工业的基础上，费孝通提出了发展小城镇的设想。这一设想与1980年代我国采取限制大城市、适当发展中等城市和大力发展小城镇的方针相呼应。这一类小城镇其实是农村工业化的结果，目的是积蓄同时亦是节制从农业生产中解放出来的大量人口，使之不致于对城市构成直接而巨大的压力，从而有利于更平均地实现社会福祉。要实现小城镇建设的理想状态，关键在于留住人，减少农民的流动性。而事实上改革开放在沿海地区产生了飓风般的吸引力令人始料未及，在使得沿海地区的小城镇快速发展的同时，客观上也使周边地区的小城镇建设进展缓慢，在西部地区更是如此。费孝通在这个背景下提出小城镇问题，是希望后进地区（这些地区往往是人力资源和自然资源的输出地）能够分享现代化的经济成果，缩小先富和后富的差距。
探索并反思知识分子的角色与责任
适值中国经济刚刚起飞的时候，国内问题没有理由不占据第一位。直到学科重建二十年后，费孝通对中国在世界体系中的地位问题才有了进一步的思考。这其中既有邓小平讲话里谈到的世界政治研究的关怀，同时也是在中国的国际影响力逐渐增强的背景下，以社会科学的眼光来思考国家和意识形态问题。也就是说，在这个时期，费孝通意识到社会学“补课”还有一个重要的部分，就是要思考中国知识分子如何能够为中国成为真正的强国出力；作为知识和文化的承担者，应该推动中国思想积极实现其世界意义，这不仅有助于中国树立更好的国际形象，同时也将是中国对世界作出的一个重要贡献。
因此，在1990年代后期一直到他去世的十年时间里，费孝通把重点放在学科基础理论的“补课”上，撰写重读派克、史禄国、马林诺夫斯基等人的长篇读书报告，提出社会学应该拓展界限，将对现实问题的关怀拓展到与历史和文化接轨的领域，进入到对人的精神世界的研究。在他看来，我们在现代化过程中遇到的种种制度不适、群体摩擦和社会关系的紧张对立等，其实归根到底都是“人”的问题，根源在于观念和价值上的冲突。
可以说，费孝通在社会学重建的前十几年，灌注了他大半生的经验，围绕认识和改造乡土中国展开，社会学补的是经验的课；而在之后的十年，他认为在社会建设之上还有一个道德和观念层面的课要补——这一层的发现有赖于知识分子对自身所负担的知识及其来源进行探索与反思。█
