高通量测序技术的进步和先进的生物信息学技术促进了对肠道微生物对人类健康影响的深入理解。总称为肠道微生物群，包括细菌、病毒和真菌在内的数万亿微生物居住在肠道内，现在被认为是人类健康的重要贡献者。患有代谢综合征、肥胖和炎症性肠病等非传染性疾病的患者表现出明显的微生物改变。这促使人们积极探索这种微生物“器官”影响宿主健康的机制。这一医学分支已经揭示了令人兴奋的疾病治疗途径，从发现新抗生素到治疗复发性艰难梭菌感染。微生物影响的规模和范围是巨大的，研究已经将特定微生物的存在或不存在与免疫、神经发育甚至行为障碍联系起来。微生物组学的潜在影响延伸到运动医学（Sports Medicine ）的领域，尤其是运动医学（Exercise Medicine）。
肠道微生物组是决定饮食反应个体间差异的关键因素。迄今为止，该领域的研究主要集中在代谢健康结果上，如肥胖和2型糖尿病。然而，了解肠道微生物组在决定饮食反应中的作用，也可能会改善运动营养对运动表现的个性化。肠道微生物群已被证明可以改变饮食和运动的效果，使其与运动员追求最佳表现相关。这一研究领域可以受益于个性化营养一般领域的最新发展，并有可能扩大我们对肠道微生物组、生活方式和个体生理学之间关系的认识（Hughes, 2020.）。
