细胞衰老过程，DNA全局甲基化水平是逐渐下降的，因此，可以当作一种量化细胞或个体衰老程度的时钟。并且很多研究人员相信，导致细胞衰老的根源可能是表观遗传。笔者认为，导致细胞衰老的根本原因，可能不在于表观遗传，依据如下：
1.表观遗传是可逆的不稳定的，无法成为稳定的“基准时钟（reference clock）”物质。因此，表观遗传时钟是受端粒和rDNA这种更稳定的“基准时钟”通过P53等介导调校的，例如，激活端粒酶就能逆转表观遗传时钟；2.有些生物如赤拟谷盗（Tribolium castaneum）和秀丽隐杆线虫(Caenorhabditis elegans)等等没有甲基化的DNA；3.实验显示在重编程过程中，细胞生理状态的年轻化发生在表观遗传特征的年轻化之前[Zhang, W., Qu, J., Liu, GH. et al. The ageing epigenome and its rejuvenation[J]. Nat Rev Mol Cell Biol ,2020,21:137–150.]，说明重编程过程细胞返老还童与表观遗传重置无关；4.iPS细胞的DNA是经过全去甲基化和复甲基化的重编程细胞，但端粒短的iPS细胞植入囊胚都无法进行胚胎发育。这是因为，个体发育的本质是一种基因程序，是不同的基因的顺序表达。但是，驱动基因程序需要一个时序驱动器，而时序驱动器需要有一个时钟；5.直接重编程也能改变表观遗传，但将老年成纤维细胞直接重编程为神经干细胞，则保留了衰老的表型(Merten等人，2015年)。-原创：黄必录
