小肠细菌过度生长有三种类型：产氢菌为主的小肠细菌过度生长、产甲烷菌为主的小肠细菌过度生长和产硫化氢菌为主的小肠细菌过度生长。
由于硫化氢产生的含量很低，目前还没有适合临床使用的检查呼出气硫化氢的设备，难以诊断硫化氢小肠细菌过度生长。专家通常通过观察检测结果中与症状相关的模式来识别。产硫化氢菌为主的小肠细菌过度生长的一个特点是当吃含硫食物如鸡蛋、花椰菜等十字花科蔬菜时，症状通常会变得更糟。
产硫化氢菌为主的小肠细菌过度生长的症状包括（但不限于）：腹胀、胀气、腹泻和便秘、膀胱疼痛、频率或急迫、对组胺敏感性、食物不耐受、身体疼痛、B12缺乏导致手和脚刺痛或麻木、硫磺味气体（不太常见）、脑雾、疲劳、抑郁或焦虑。因此，如果是小肠或大肠产硫化氢的细菌过多有可能引起膀胱疼痛。
在《盆底健康网站》专题报道了小肠细菌过度生长与间质性膀胱炎/膀胱疼痛综合征的关系。文章指出小肠细菌过度生长是一个常见的胃肠道问题，它与膀胱盆腔疼痛有关系。关于消化系统微生物组的研究越来越多。间质性膀胱炎患者常有重叠的胃肠道症状。缓解骨盆疼痛如此具有挑战性的原因之一是骨盆内不同系统的疼痛可能重叠。
美国匹兹堡大学医学院泌尿外科，美国威廉博蒙特医院泌尿科和匹兹堡大学医学院药理学与化学生物学系的研究人员在“盆腔器官交叉致敏增强实验性结肠炎大鼠膀胱和尿道疼痛行为”的文章中报告了他们的研究结果，在诱发实验性结肠炎（结肠刺激）的大鼠中，许多大鼠也经历了膀胱和尿道疼痛。膀胱疼痛和胃肠道症状之间有明显的重叠。缓解小肠细菌性过度生长和间质性膀胱炎相关膀胱疼痛的根本原因需要优化消化系统的功能和肠道微生物群的健康。
小肠细菌过度生长患者可能出现膀胱疼痛的机制与神经交叉致敏有关，引起膀胱疼痛综合征/间质性膀胱炎和肠易激综合征等慢性盆腔疼痛疾病重叠。患有实验性结肠炎的动物显示出膀胱过度活动，表现为频繁排尿。他们使用2,4,6-三硝基苯磺酸（TNBS）诱导的结肠炎大鼠，研究了下尿路伤害性刺激引起的疼痛行为以及C-纤维传入通路的参与。诱导的结肠炎通过结肠到膀胱和结肠到尿道的交叉致敏激活C纤维传入通路，增加膀胱和尿道的疼痛敏感性。
