一、关于金融体制改革问题
金融是现代经济的核心。中国人民银行总行金融研究所蔡重直、刘渝、齐永贵等金融界代表，对金融体制改革尤其是银行体制改革和发行股票问题颇为积极。
（一）关于金融体制改革思路
与会代表指出，中国当时基本上还是实行“统存统贷”的资金管理体制。这样，一则割裂了基层银行信贷业务间的资金横向流动，二则割裂了工商业与各对应层次银行的直接关系，资金流动慢，经济效益差。同时，在中央银行与四大银行并存的情况下，由于不存在金融市场，中央银行对专业银行的协调与控制能力很弱。对此，会议提出以扩大地方省一级专业银行自主权作为第一步、加强资金横向流动等建议以及金融改革的配套对策。
（二）关于发行股票、发展股份经济问题
这是莫干山会议触及的最为敏感和最有挑战性的议题之一。会前，会议代表蔡重直等以“敢为天下先”的精神提出“建立金融市场”，引起会议关注。
会议讨论指出，股票和债券业务是异常复杂的经济活动，特别是牵涉到财产的权利和所有权的利益分配，在很大程度上受市场的影响，建立社会共同认可的准则，格外重要。对于正在出现的股份经济，千万不能把其中一些尚待成熟的好苗头抑制住，建议“一看，二导，三管理”。
鉴于当时绝大部分股票和债券是直接发行，不通过一定的金融中介机构，发行的股票、债券不允许流动，代表指出，这种局面既不便于社会监督和不利于股票、债券的经营，也不符合其本来的性质。建议各级政府提供条件，使暗中的股票、债券交易公开化、社会化。政府在没有设立专门的股票、债券机构之前，其发行、购买、转化和偿付可由银行的信托部承担。为保护股票和债券的发行和购买双方的合法权益，处理双方的纠纷，建议设立适当的仲裁机构。对各类不同性质的企业，会议还提出了不同的股票、债券发行政策，并建议对企业股票和债券的收入征收所得税。这是在国内较早提出发行股票、发展股份制的系统建议，对中国资本市场的发展具有开拓意义。
农村改革和发展问题，农发组早就作过深入研究。莫干山会议由于有一批对农村发展素有研究的学者如王岐山、陈一谘、周其仁、裴长洪、白南生、左芳等代表的参加，所以对农业和农村改革发展讨论比较深入且居于前沿。
会议认为，我国农村面临着新的转折。连续几年成功的改革，一方面提出了深入改革农村经济体制、全面改组农村产业结构的新的历史任务，另一方面也为完成这个更深刻的变革准备了条件。特别是整个经济体制全面改革的酝酿，城市和大工业中长期受到束缚的巨大生产力的初步释放，同农村已经实行的改革汇聚到一起，相互激发、势不可挡。新的形势提出了一系列新的问题，迫切需要在系统的调查研究的基础上，提出可供决策参考的思想认识和解决办法。
会议着重讨论了新的形势提出的新问题。认为在连续的农业增产特别是粮食增收面前，出现的新难题是所谓粮食“过剩”问题，表象是“仓容危机”，其实质则是整个国民经济的产业结构、流通体制、收入结构中原有矛盾在新条件下的集中体现。绝不能由此推断我国粮食问题已经获得根本解决，可以从此高枕无忧。我国粮食生产的进一步增长，既不能够依靠强制生产者接受低价统派的方式来实现，也不能够依靠国家财政补贴的大幅度增长来维持。真正可靠的基础，应当是社会有购买力的需求。目前对粮食的有效需求并没有完全、充分地表现出来，这些方面的需求潜力应充分挖掘。
（二）关于农产品（首先是粮食）购销体制改革问题
与会者认为，影响以上有效需求充分实现的主要障碍，是粮食（及农产品）购销体制不合理，因此，农产品（首先是粮食）购销体制的根本性改革更加紧迫。供给型的生产和分配型的商业，在新的条件下必须改弦更张。为此，建议从粮权下放入手，进行粮食及农产品购销体制的全面改革。具体的设想是：（1）补贴包干；（2）下放权力；（3）中央储备，并实行保护价制度。
（三）变革农村产业结构
会议认为，变革农村产业结构是根本解决农产品价格和购销体制的基础。解决这一矛盾的根本出路在于，使一部分农村人口从土地经营中脱离出来，走工业化和城市化道路。为此，与会者提出选择好先导产业、运用好农村资金（预测：到2000年，需要转移3亿多农村人口，平均每年转移出近2000万农村人口，相应每年大约需要资金200亿~300亿元）以及处理好政企关系等建议。
农业和农村发展的讨论成果，最后形成题为《改革粮食购销体制和农村产业结构》的报告，上报中央。3个月后，1985年中央一号文件明确提出“农村进行第二步农产品的统派购制度改革”。
除上述议题之外，会议还讨论了关于发挥中心城市功能问题、关于政府经济职能问题等，以及基本理论组讨论的有关社会主义基本理论问题等。因篇幅所限，不再一一阐述。当然，在当时的背景下，对于与人文关怀相关的公平与效率的关系，以及收入分配和社会保障体系的建立问题，还没有顾及。例如浙江大学姚先国曾提交了《社会主义劳动基金的两重性与我国工资改革》等，会议未能设小组专题讨论。
