之前觉得张居正、申时行的差异在于与文官集团打交道的方式，现在觉得不太准确，应该是在皇帝这一政治个体与文官集团的政治团体之间的处事方式不同。
通过万历的叔祖正德皇帝的例子，我们可以看到，帝国的平稳运行不仅在于文官之间的平衡、和谐，还要关照皇帝与制度（即文官集团）之间的关系。正德皇帝跳脱的个性不允许他仅仅作为一个权力的象征配合制度运行，大学士在政治上的无能导致皇帝和文官集团的对抗状态，以致政体的瘫痪。
而万历皇帝有着和正德相似的个性，他有大展身手复兴帝国的愿望，而同时，这与文官们的期望往往相互背离。作为文官之首、皇帝的顾问，大学士的处事手段就显得极为重要。
张居正对皇帝和文官同时使用霹雳手段，以自己的影响力同时强行驱策两方力量，结果是死后两方共同进行的反抗。而申时行则是另一个极端，同样是不偏袒，他想在两边都做好人，让两方都觉得和自己是一伙的，这样在解决问题时自己在双方都有一定的说服力、影响力。
然而对于一般的问题，他可以“处心积虑不动声色在幕后解决问题”，而且从黄河治理的例子中可以看到申时行处事心细如发以及这一方式在效率和人事稳定上的优越性。但是，一旦面临立储这样关乎文官生存、皇帝基本权利的大事上，在两方都想做好人的结果就是都做不成好人。
