分居3年不会自动离婚的，离婚的方法有两种：一是去民政局协议离婚;一是向法院起诉离婚。也就是说，“自动离婚”的说法是不成立的，无论分居多久未办理相关手续，两人都是夫妻关系。
根据《民法典婚姻编》（自2021年1月1日起实施）第一千零七十八条，男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。
第一千零七十九条，男女一方要求离婚的，可由有关部门进行调解或直接向人民法院提出离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。有下列情形之一，调解无效的，应准予离婚：
(一)重婚或有配偶者与他人同居的;
(二)实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的;
(三)有赌博、吸毒等恶习屡教不改的;
(四)因感情不和分居满二年的;
(五)其他导致夫妻感情破裂的情形。
二、分居如何证明?
起诉离婚时如何证明分居事实呢?空口向法院陈述分居的事实往往是无力的，下面列举的是能证明夫妻分居的常见证据：
1、一方在外居住的、新住址接收的信件;
2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认;
3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间;
4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实;
5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。
其实，很大程度上夫妻分居的时间越久，有些问题处理起来也就越复杂，特别是财产分割问题，就算自己不愿意在财产分割的这件事情上过多的纠缠，可对方如果提出来要求分割分区期间的财产的话，无疑也会增加其他的矛盾，所以离婚也是越早处理越好。
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