1、犯罪主体不同。
组织他人偷越国(边)境罪的主体尽管是一般主体，但实际上、只有偷越国(边)境犯罪活动的组织者，即从事组织他人偷越国(边)境犯罪活动的“蛇头”，才能构成组织他人偷越国(边)境罪;而偷越国(边)境罪的犯罪主体在立法上无任何特殊要求，只要是达到刑事责任年龄、具备，实施了偷越国(边)境行为的自然人，均可成为偷越国(边)境罪的犯罪主体。
2、犯罪客观方面的表现形式不同。
组织他人偷越国(边)境罪在客观方面表现为，以抗拢、串连、诱使、煽动等方式，有组织、有计划地安排他人偷越国(边)境的行为;而偷越国(边)境罪在客观方面则表现为，违反国(边)境管理法规，偷越国(边)境的行为。
相关法律依据：
根据《中华人民共和国刑法》第三百一十八条【组织他人偷越国(边)境罪】组织他人偷越国(边)境的，处二年以上七年以下，并处;有下列情形之一的，处七年以上有期徒刑或者，并处罚金或者：
(二) 多次组织他人偷越国(边)境或者组织他人偷越国(边)境人数众多的;
(三) 造成被组织人重伤、死亡的;
(四) 剥夺或者限制被组织人人身自由的;
(五) 以暴力、威胁方法抗拒检查的;
(六) 违法所得数额巨大的;
(七) 有其他特别严重情节的。
犯前款罪，对被组织人有杀害、伤害、强奸、拐卖等犯罪行为，或者对检查人员有杀害、伤害等犯罪行为的，依照数罪并罚的规定处罚。
二、偷越国境罪与叛逃罪的区别是什么?
1、犯罪主体不同。偷越国(边)境罪的犯罪主体是一般主体;而叛逃罪的犯罪主体则是特殊主体，即国家机关工作人员，不仅包括在国家机关依法从事公务的人员，还包括国家机关内的非从事公务的人员。
2、犯罪主观故意的内容不同。偷越国(边)境罪在主观方面表现为，行为人明知偷越国(边)境的行为是违法行为，会给国家对国(边)境的正常管理秩序造成破坏，而仍然希望这一危害社会的结果的发生;而叛逃罪直接故意的内容是，行为人明知自己是国家机关工作人员不应叛逃，而仍然故意为之。
3、犯罪客观方面的表现形式不同。偷越国(边)境罪在客观上表现为，违反国(边)境管理法规，偷越国(边)境的行为;叛逃罪在客观方而则表现为，国家机关工作人员在履行公务期间，擅离岗位，叛逃境处或者在境外叛逃，危害中华人民共和国国家安全的行为。
4、犯罪客体不同。偷越国(边)境罪侵犯的直接客体是国家对国(边)境的正常管理秩序;而叛逃罪侵犯的客体则是中华人民共和国的国家安全。
综上所述，国(边)境是出入国家的门户，为了维护国家主权、安全和社会管理秩序，我国政府采取了许多措施来加强对出入国(边)境的管理，无论是组织他人偷越国境罪还是自己单纯偷越国境，均属于违法犯罪行为需要追究刑事处罚责任，两者的犯罪主体、犯罪内容以及犯罪客体上面是存在很多不同之处的。
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